184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2771 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2771  hydratase/decarboxylase  100 
 
 		 300 aa  594  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.751299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0880  hydratase/decarboxylase  52.27 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.777831 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1992  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.97 
 
 		 291 aa  195  7e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1712  hydratase/decarboxylase  40.62 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376649  normal  0.38859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4183  hydratase/decarboxylase  42.49 
 
 		 285 aa  191  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3417  hydratase/decarboxylase  40.66 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.375509  normal  0.976889 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3947  hydratase/decarboxylase  32.54 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.536465  hitchhiker  0.00797291 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3897  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  33.07 
 
 		 321 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1671  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.68 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.444038  normal  0.899188 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1742  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  32.91 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0828  hydratase/decarboxylase  41.09 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.302369  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01670  hydratase protein  35.23 
 
 		 284 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.339156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  29.1 
 
 		 264 aa  72.4  0.000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  30.94 
 
 		 261 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.85 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3512  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.63 
 
 		 269 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.86 
 
 		 265 aa  70.1  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.77 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30610  2-Hydroxypent-2,4-dienoate hydratase; LapE  28.97 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000960153  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4832  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.48 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0838304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1354  hydratase/decarboxylase  30.73 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000612409  decreased coverage  0.00000118865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3499  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.91 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00827858 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.18 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2118  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.67 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.609149  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  26.46 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.37 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2578  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.57 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4925  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.79 
 
 		 260 aa  67  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1182  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  28.91 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1459  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.43 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0905  hydratase/decarboxylase  29.84 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0436706  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2158  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.94 
 
 		 262 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  30 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  29.17 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.77 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3242  hydratase/decarboxylase  27.98 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000968427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.57 
 
 		 264 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  25.97 
 
 		 260 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.53 
 
 		 261 aa  64.3  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  25.43 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7646  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.52 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.573554 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4269  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.78 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.238552  normal  0.686193 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.73 
 
 		 277 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.96 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1651  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.38 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.452701  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.16 
 
 		 267 aa  62.4  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  24.49 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  25.69 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  25.69 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2155  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase, putative  33.96 
 
 		 255 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1904  hydratase/decarboxylase  30.41 
 
 		 270 aa  62  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  24.89 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.87 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.57 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10590  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  28.45 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.53 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.57 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  26.59 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1790  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.36 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0308919  normal  0.205885 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  29.84 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  25.53 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5134  hydratase/decarboxylase  26.34 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0285955 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.57 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0965  2-oxo-hept-3-ene-1,7-dioate hydratase  28.45 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2055  2-keto-4-pentenoate hydratase  26.17 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.247079  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.37 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3457  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.24 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1639  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.6 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.193054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.67 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4745  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.05 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1510  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.46 
 
 		 260 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.16 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  27.23 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0061  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  24.6 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.98 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0936  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.53 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  0.608159 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  30.04 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2875  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.91 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0367853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3502  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.83 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.328452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0425  2-keto-4-pentenoate hydratase  25 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.81 
 
 		 260 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  25 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  25 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2405  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.63 
 
 		 267 aa  58.5  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  23.56 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2151  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.12 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  25 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.64 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5220  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.94 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2420  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.7 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3472  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.43 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102578  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2039  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.61 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.83 
 
 		 273 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2299  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.72 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00304  2-keto-4-pentenoate hydratase  24.47 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.503312  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  24.47 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1158  2-keto-4-pentenoate hydratase  27.2 
 
 		 267 aa  56.6  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0971  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.15 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0126306 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  24.47 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.15 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>