109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4287 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4287  hypothetical protein  100 
 
 		 171 aa  348  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1581  hypothetical protein  100 
 
 		 171 aa  348  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.288278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3851  hypothetical protein  97.66 
 
 		 171 aa  340  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0750718  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3613  hypothetical protein  96.49 
 
 		 171 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00378889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1705  hypothetical protein  83.63 
 
 		 171 aa  297  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.589299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2759  hypothetical protein  77.19 
 
 		 176 aa  272  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.659678  normal  0.346788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44840  hypothetical protein  77.19 
 
 		 171 aa  269  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.165597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3819  hypothetical protein  75.44 
 
 		 171 aa  264  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0873335  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1808  hypothetical protein  69.59 
 
 		 171 aa  250  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3667  hypothetical protein  68.42 
 
 		 176 aa  244  6e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.292937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21120  hypothetical protein  60.71 
 
 		 171 aa  213  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959154  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0067  hypothetical protein  51.81 
 
 		 174 aa  173  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1927  hypothetical protein  52.83 
 
 		 170 aa  168  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6115  hypothetical protein  53.33 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1962  hypothetical protein  53.33 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1877  hypothetical protein  52.73 
 
 		 173 aa  166  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207641  normal  0.107277 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1308  hypothetical protein  51.52 
 
 		 173 aa  165  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.029445 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1950  hypothetical protein  52.12 
 
 		 173 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1986  hypothetical protein  52.73 
 
 		 173 aa  164  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.523648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0449  chitin deacetylase  53.12 
 
 		 475 aa  164  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2532  chitooligosaccharide deacetylase  54.09 
 
 		 173 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.111084  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2387  hypothetical protein  54.09 
 
 		 174 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2431  hypothetical protein  54.09 
 
 		 174 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1507  hypothetical protein  54.09 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.246416  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2006  hypothetical protein  54.09 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3304  hypothetical protein  54.09 
 
 		 174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132168  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2328  OHCU decarboxylase  53.25 
 
 		 173 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.256627 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5277  hypothetical protein  50.91 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0399962 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1299  hypothetical protein  54.37 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1344  OHCU decarboxylase  51.57 
 
 		 190 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.207628  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0347  hypothetical protein  51.88 
 
 		 475 aa  160  8.000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.399937  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0363  hypothetical protein  51.88 
 
 		 475 aa  160  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.851897  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3151  OHCU decarboxylase  47.5 
 
 		 166 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2068  hypothetical protein  53.9 
 
 		 174 aa  158  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4618  chitin deacetylase  49.71 
 
 		 471 aa  158  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.253154 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1938  OHCU decarboxylase  48.24 
 
 		 174 aa  158  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0640799  normal  0.0392315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2708  hypothetical protein  49.09 
 
 		 173 aa  157  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2063  urate catabolism protein  49.08 
 
 		 470 aa  155  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00890496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1744  urate catabolism protein  48.77 
 
 		 470 aa  153  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2887  OHCU decarboxylase  47.5 
 
 		 166 aa  153  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0785509 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3475  polysaccharide deacetylase  48.48 
 
 		 471 aa  152  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.40619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3347  hypothetical protein  48.41 
 
 		 169 aa  148  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.943196  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3204  polysaccharide deacetylase  48.17 
 
 		 470 aa  147  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.933502  normal  0.3249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2261  hypothetical protein  45.88 
 
 		 174 aa  147  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.351618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2608  polysaccharide deacetylase  48.78 
 
 		 470 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.234618  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2121  hypothetical protein  48.43 
 
 		 173 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.205363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0881  hypothetical protein  44.91 
 
 		 173 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3708  hypothetical protein  47.77 
 
 		 173 aa  146  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.129355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2831  polysaccharide deacetylase  46.95 
 
 		 478 aa  144  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.729324  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3290  chitin deacetylase  50 
 
 		 482 aa  143  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187371  normal  0.839044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1099  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  46.34 
 
 		 592 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.581105 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6199  hypothetical protein  47.8 
 
 		 169 aa  141  5e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.270855 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4490  hypothetical protein  50.62 
 
 		 167 aa  140  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.910632  normal  0.397544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1069  urate catabolism protein  45.06 
 
 		 470 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0248428 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1780  OHCU decarboxylase  45.86 
 
 		 167 aa  136  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.173736 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3795  polysaccharide deacetylase  43.64 
 
 		 470 aa  135  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0520356 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3035  chitin deacetylase  45.57 
 
 		 471 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2438  hypothetical protein  44.74 
 
 		 172 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1392  OHCU decarboxylase  42.5 
 
 		 163 aa  128  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.165224  normal  0.148489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1554  polysaccharide deacetylase  46.2 
 
 		 471 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.442375  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1115  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  47.33 
 
 		 589 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.845935  normal  0.677429 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0206  polysaccharide deacetylase  45.57 
 
 		 471 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5365  urate catabolism protein  43.9 
 
 		 478 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.805332  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1110  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  44.1 
 
 		 593 aa  122  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.369908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1423  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  44 
 
 		 591 aa  120  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.202034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1036  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  46 
 
 		 589 aa  120  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2600  hypothetical protein  42.58 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.562153  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2841  hypothetical protein  40.62 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3928  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  44.67 
 
 		 592 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7199  hypothetical protein  36.97 
 
 		 475 aa  117  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0776  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  42.67 
 
 		 599 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0354  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  41.4 
 
 		 592 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.584066  normal  0.0196277 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5068  urate catabolism protein  40.48 
 
 		 478 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0215  OHCU decarboxylase  41.4 
 
 		 292 aa  114  8.999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.64075  normal  0.0296602 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4389  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  43.79 
 
 		 599 aa  112  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.707677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2109  unknown domain/N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase fusion protein  43.33 
 
 		 591 aa  112  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454035 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5850  hypothetical protein  38.89 
 
 		 170 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107994  hitchhiker  0.000262716 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5459  OHCU decarboxylase  35.33 
 
 		 175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0165  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  36.26 
 
 		 594 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3212  OHCU decarboxylase  40.88 
 
 		 294 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49522  predicted protein  37.43 
 
 		 299 aa  102  3e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.219975  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0837  OHCU decarboxylase  32.54 
 
 		 166 aa  92.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.653813  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0035  putative uricase  33.12 
 
 		 175 aa  90.1  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950541  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1150  hypothetical protein  42.95 
 
 		 180 aa  81.6  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.738978  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0261  xanthine permease  29.38 
 
 		 825 aa  79  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03789  chitooligosaccharide deacetylase  36.49 
 
 		 186 aa  77.4  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5250  OHCU decarboxylase  35.76 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00421596 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1826  xanthine permease  25 
 
 		 665 aa  59.7  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5814  hydroxyisourate hydrolase  29.03 
 
 		 279 aa  58.2  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03150  uracil-xanthine permease  23.38 
 
 		 647 aa  57.8  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1332  OHCU decarboxylase  30.91 
 
 		 197 aa  52  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4739  OHCU decarboxylase  33.03 
 
 		 231 aa  51.6  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2960  OHCU decarboxylase  35.42 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1144  putative urate oxidase, N-terminal  31.25 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.347521  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2965  xanthine permease  22.84 
 
 		 640 aa  48.9  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.276589  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1825  OHCU decarboxylase  31.96 
 
 		 177 aa  47.8  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4780  putative OHCU decarboxylase  27.27 
 
 		 173 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.358879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4866  putative OHCU decarboxylase  27.27 
 
 		 173 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5275  uracil-xanthine permease  22.7 
 
 		 633 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5276  putative OHCU decarboxylase  28.8 
 
 		 165 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358826  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>