More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3928 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0354  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  74.58 
 
 		 592 aa  876    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.584066  normal  0.0196277 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1099  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  72.96 
 
 		 592 aa  832    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.581105 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4389  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  70.22 
 
 		 599 aa  860    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.707677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3928  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  100 
 
 		 592 aa  1213    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.744958  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1036  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  77.59 
 
 		 589 aa  952    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1115  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  77.25 
 
 		 589 aa  952    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.845935  normal  0.677429 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0776  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  70.02 
 
 		 599 aa  802    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0165  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  70.36 
 
 		 594 aa  852    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1423  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  74.87 
 
 		 591 aa  924    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.202034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1110  putative bifunctional OHCU decarboxylase/allantoate amidohydrolase  74.62 
 
 		 593 aa  915    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.369908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2109  unknown domain/N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase fusion protein  76.27 
 
 		 591 aa  926    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454035 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3443  allantoate amidohydrolase  51.85 
 
 		 418 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3278  allantoate amidohydrolase  49.03 
 
 		 417 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1945  allantoate amidohydrolase  49.51 
 
 		 420 aa  372  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0435215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1370  allantoate amidohydrolase  47.85 
 
 		 421 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3289  amidase  47.2 
 
 		 426 aa  343  5.999999999999999e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0766744  normal  0.806824 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0937  allantoate amidohydrolase  45.83 
 
 		 418 aa  327  4.0000000000000003e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.275472  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3308  allantoate amidohydrolase  46.32 
 
 		 417 aa  311  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3334  allantoate amidohydrolase  43.77 
 
 		 427 aa  306  8.000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.976999 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3324  allantoate amidohydrolase  43.77 
 
 		 427 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3185  allantoate amidohydrolase  43.5 
 
 		 427 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3464  allantoate amidohydrolase  44.01 
 
 		 429 aa  302  9e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962602  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1838  amidase  43.36 
 
 		 424 aa  300  7e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1389  amidase hydantoinase/carbamoylase family  43.19 
 
 		 415 aa  297  3e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0995046  normal  0.188335 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0912  allantoate amidohydrolase  46.17 
 
 		 416 aa  295  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.435132  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0882  allantoate amidohydrolase  45.93 
 
 		 416 aa  295  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1161  amidase  44.73 
 
 		 431 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.441766  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0455  allantoate amidohydrolase  40.53 
 
 		 408 aa  290  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3705  allantoate amidohydrolase  42.32 
 
 		 433 aa  279  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02498  allantoate amidohydrolase  40.11 
 
 		 411 aa  278  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1784  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  41.56 
 
 		 407 aa  272  1e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.210554 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1179  allantoate amidohydrolase  39.95 
 
 		 409 aa  270  5e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2051  allantoate amidohydrolase  40 
 
 		 408 aa  268  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2423  amidase, hydantoinase/carbamoylase family protein  39.49 
 
 		 411 aa  268  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000367086 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3341  allantoate amidohydrolase  39.13 
 
 		 409 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01759  hypothetical protein  34.22 
 
 		 415 aa  261  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3176  allantoate amidohydrolase  37.85 
 
 		 409 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.183247  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0866  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  40 
 
 		 424 aa  258  3e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0759953  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1854  allantoate amidohydrolase  38.24 
 
 		 425 aa  258  3e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2079  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  40.78 
 
 		 420 aa  253  5.000000000000001e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2786  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  38.85 
 
 		 424 aa  249  1e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000941896 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0218  allantoate amidohydrolase  41.19 
 
 		 429 aa  236  8e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0387479 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6770  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  34.96 
 
 		 416 aa  234  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2091  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  38.27 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.131869  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2689  allantoate amidohydrolase  36.22 
 
 		 406 aa  218  4e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0667838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2881  allantoate amidohydrolase  36.13 
 
 		 416 aa  216  9e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138552 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2070  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  34.66 
 
 		 411 aa  214  3.9999999999999995e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0746  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.87 
 
 		 412 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1945  allantoate amidohydrolase  36.03 
 
 		 416 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3949  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.17 
 
 		 407 aa  205  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193056  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2610  allantoate amidohydrolase  37.11 
 
 		 419 aa  205  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1668  allantoate amidohydrolase  35.47 
 
 		 431 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1386  amidase hydantoinase/carbamoylase family  33.66 
 
 		 430 aa  199  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000270015  normal  0.126217 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3946  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.25 
 
 		 421 aa  198  3e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.781731  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2180  allantoate amidohydrolase  38.15 
 
 		 426 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2039  allantoate amidohydrolase  38.15 
 
 		 426 aa  196  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3012  allantoate amidohydrolase  38.35 
 
 		 425 aa  195  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.980217 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0781  allantoate amidohydrolase  35.23 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3376  allantoate amidohydrolase  33.61 
 
 		 422 aa  193  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1536  allantoate amidohydrolase  33.88 
 
 		 425 aa  192  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2555  amidase  36.73 
 
 		 408 aa  190  7e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1844  allantoate amidohydrolase  35.29 
 
 		 415 aa  190  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1163  allantoate amidohydrolase  32.6 
 
 		 479 aa  188  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.146469  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2691  allantoate amidohydrolase  32.88 
 
 		 426 aa  189  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1427  allantoate amidohydrolase  32.65 
 
 		 426 aa  188  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.841231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7539  allantoate amidohydrolase  35.28 
 
 		 419 aa  188  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5349  allantoate amidohydrolase  34.77 
 
 		 426 aa  187  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.223299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4391  allantoate amidohydrolase  33.76 
 
 		 427 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1787  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  35.67 
 
 		 410 aa  186  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.105508  normal  0.371665 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6670  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  35.24 
 
 		 427 aa  186  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3623  allantoate amidohydrolase  35.81 
 
 		 415 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1144  allantoate amidohydrolase  34.3 
 
 		 423 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.942572  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0617  allantoate amidohydrolase  34.92 
 
 		 411 aa  184  3e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4001  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  32.4 
 
 		 428 aa  184  4.0000000000000006e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00670775  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2561  amidase, hydantoinase/carbamoylase  33.25 
 
 		 426 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2438  hypothetical protein  56.47 
 
 		 172 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0379  amidase, hydantoinase/carbamoylase  34.13 
 
 		 415 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.480246  normal  0.16493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5111  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.52 
 
 		 447 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4480  N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase  33.65 
 
 		 420 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0132912  normal  0.010992 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6028  amidase  36.51 
 
 		 431 aa  182  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3071  allantoate amidohydrolase  37.79 
 
 		 421 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1342  allantoate amidohydrolase  33.77 
 
 		 417 aa  182  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.20068 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0772  allantoate amidohydrolase  33.09 
 
 		 425 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177397  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1132  allantoate amidohydrolase  34.04 
 
 		 423 aa  182  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0590  allantoate amidohydrolase  33.82 
 
 		 411 aa  182  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1253  allantoate amidohydrolase  33.09 
 
 		 425 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.158158  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1680  allantoate amidohydrolase  32.6 
 
 		 459 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.363282  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4534  allantoate amidohydrolase  34.89 
 
 		 415 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.289917  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0251  allantoate amidohydrolase  32.6 
 
 		 459 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6569  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  33.09 
 
 		 426 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13575  normal  0.0102447 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2034  allantoate amidohydrolase  32.37 
 
 		 413 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.388418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3022  amidase  34 
 
 		 442 aa  181  4e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.597256  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2259  allantoate amidohydrolase  33.62 
 
 		 428 aa  181  4e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3207  amidase  31.23 
 
 		 423 aa  181  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5723  allantoate amidohydrolase  33.89 
 
 		 426 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1769  allantoate amidohydrolase  32.6 
 
 		 471 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.494309  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3896  allantoate amidohydrolase  32.37 
 
 		 412 aa  180  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3535  allantoate amidohydrolase  32.9 
 
 		 437 aa  179  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3826  amidase, hydantoinase/carbamoylase family  34.63 
 
 		 420 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4097  allantoate amidohydrolase  34.1 
 
 		 418 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.850952  normal  0.717406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>