173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3253 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3253  carboxylate-amine ligase  100 
 
 		 368 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.5647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2508  carboxylate-amine ligase  96.2 
 
 		 368 aa  701    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3015  carboxylate-amine ligase  67.22 
 
 		 373 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2301  glutamate--cysteine ligase, GCS2  44.35 
 
 		 378 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000398756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3119  carboxylate-amine ligase  43.75 
 
 		 378 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36370  carboxylate-amine ligase  43.64 
 
 		 404 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0201432  normal  0.850871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4527  glutamate--cysteine ligase GCS2  39.51 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3073  glutamate--cysteine ligase GCS2  41.32 
 
 		 388 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4105  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.9 
 
 		 389 aa  219  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.264037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3891  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.9 
 
 		 372 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.892511  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4415  glutamate--cysteine ligase GCS2  39.13 
 
 		 374 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5194  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.02 
 
 		 375 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4045  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.59 
 
 		 374 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal  0.832603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2462  carboxylate-amine ligase  38.48 
 
 		 389 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5116  glutamate--cysteine ligase GCS2  37.5 
 
 		 375 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.860275  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4653  glutamate--cysteine ligase GCS2  37.5 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.741083  normal  0.543814 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1633  carboxylate-amine ligase  34.07 
 
 		 376 aa  209  5e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.816499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6659  glutamate--cysteine ligase GCS2  39.84 
 
 		 380 aa  204  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.119595  decreased coverage  0.00571731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7205  carboxylate-amine ligase  33.53 
 
 		 410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1749  carboxylate-amine ligase  35.54 
 
 		 375 aa  193  5e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.589468  normal  0.393571 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1316  glutamate--cysteine ligase GCS2  30.72 
 
 		 366 aa  186  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0440674  normal  0.42446 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1911  carboxylate-amine ligase  33.8 
 
 		 378 aa  185  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.557399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4831  carboxylate-amine ligase  29.48 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.476623  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0436  carboxylate-amine ligase  30.52 
 
 		 365 aa  178  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.524992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2911  hypothetical protein  34.6 
 
 		 861 aa  172  9e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.69744  normal  0.672466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0366  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.32 
 
 		 377 aa  170  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.22419  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5940  carboxylate-amine ligase  28.57 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.111906 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0203  carboxylate-amine ligase  29.36 
 
 		 390 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.27029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0030  carboxylate-amine ligase  35.67 
 
 		 376 aa  166  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0693  carboxylate-amine ligase  35.71 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.574582 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3956  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.25 
 
 		 390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1802  carboxylate-amine ligase  28.94 
 
 		 379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2243  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.42 
 
 		 377 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0053932  normal  0.199506 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5927  carboxylate-amine ligase  35.96 
 
 		 382 aa  162  8.000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777707  normal  0.0696013 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2615  carboxylate-amine ligase  28.95 
 
 		 379 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546431 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2978  methyltransferase small  50.59 
 
 		 461 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514386  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0681  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.33 
 
 		 384 aa  158  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.109931  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4376  glutamate--cysteine ligase GCS2  36.51 
 
 		 401 aa  158  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2292  hypothetical protein  30.84 
 
 		 865 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382745  normal  0.649548 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0633  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.22 
 
 		 379 aa  154  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3532  hypothetical protein  32.57 
 
 		 837 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.037259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4053  carboxylate-amine ligase  27.22 
 
 		 367 aa  153  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00732082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2565  carboxylate-amine ligase  33.33 
 
 		 399 aa  151  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0674  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.26 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.545446  normal  0.126463 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3394  protein of unknown function DUF407  33.53 
 
 		 850 aa  149  9e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.8835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2601  carboxylate-amine ligase  30.98 
 
 		 383 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160403 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29170  uncharacterized enzyme  33.11 
 
 		 380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0736  carboxylate-amine ligase  34.01 
 
 		 380 aa  147  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2891  carboxylate-amine ligase  30.3 
 
 		 383 aa  146  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167009  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2591  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.17 
 
 		 382 aa  145  9e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.24303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4200  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.08 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2239  carboxylate-amine ligase  33.11 
 
 		 360 aa  145  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4084  carboxylate-amine ligase  32.53 
 
 		 383 aa  145  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3061  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.79 
 
 		 388 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  0.799076 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0703  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.85 
 
 		 360 aa  143  4e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.60785  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0563  carboxylate-amine ligase  30.85 
 
 		 376 aa  143  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.571446 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0665  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.41 
 
 		 379 aa  142  9e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0573  carboxylate-amine ligase  30.58 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0585  carboxylate-amine ligase  30.58 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.670394  hitchhiker  0.00946283 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0405  carboxylate-amine ligase  28.94 
 
 		 365 aa  140  3e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.047462  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10438  carboxylate-amine ligase  31.34 
 
 		 376 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0200727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16620  uncharacterized enzyme  31.86 
 
 		 398 aa  139  7e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0171  carboxylate-amine ligase  32.65 
 
 		 380 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0952  carboxylate-amine ligase  32.22 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0270  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.27 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.326062  hitchhiker  0.00150458 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5230  glutamate--cysteine ligase GCS2  29.27 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3702  carboxylate-amine ligase  31.65 
 
 		 376 aa  135  8e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0961224  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3727  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.65 
 
 		 379 aa  135  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2090  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.29 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4332  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.05 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3384  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.81 
 
 		 371 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.122999  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3529  carboxylate-amine ligase  30.61 
 
 		 370 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3020  glutamate--cysteine ligase GCS2  30.36 
 
 		 409 aa  132  6.999999999999999e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.163677 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2699  glutamate--cysteine ligase GCS2  29.32 
 
 		 386 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2310  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.66 
 
 		 383 aa  129  9.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0474742  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2729  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.96 
 
 		 378 aa  129  9.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.884579  normal  0.170085 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4460  carboxylate-amine ligase  29.34 
 
 		 364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0697094  normal  0.0368426 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4754  carboxylate-amine ligase  29.34 
 
 		 364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2542  glutamate--cysteine ligase, GCS2  31.27 
 
 		 378 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.636637 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5402  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.94 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.934684  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5146  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.7 
 
 		 373 aa  124  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.224645  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0126  glutamate--cysteine ligase GCS2  28.97 
 
 		 365 aa  122  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2776  carboxylate-amine ligase  25.93 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2647  carboxylate-amine ligase  25.59 
 
 		 383 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2903  glutamate--cysteine ligase GCS2  30.34 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380961  normal  0.301708 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2274  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.45 
 
 		 382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.466886  normal  0.449208 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3494  glutamate--cysteine ligase GCS2  28.9 
 
 		 398 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9080  uncharacterized enzyme  32.06 
 
 		 386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1350  carboxylate-amine ligase  27.17 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2177  glutamate--cysteine ligase GCS2  35.96 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.130658 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2970  uncharacterized enzyme  31.08 
 
 		 382 aa  109  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4596  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.91 
 
 		 390 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.0023216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1127  hypothetical protein  28.12 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.118278  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1896  glutamate--cysteine ligase GCS2  29.62 
 
 		 357 aa  107  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.961977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0434  carboxylate-amine ligase  25.68 
 
 		 374 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.307001  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5036  glutamate--cysteine ligase GCS2  28.75 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4113  hypothetical protein  27.36 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.152835 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2448  glutamate--cysteine ligase GCS2  30.57 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000845402  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3311  uncharacterized enzyme  38.41 
 
 		 369 aa  104  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.256822  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3646  carboxylate-amine ligase  26.93 
 
 		 423 aa  103  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>