More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2978 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2978  methyltransferase small  100 
 
 		 461 aa  945    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514386  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3016  methyltransferase small  58.9 
 
 		 317 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2096  methyltransferase small  57.58 
 
 		 317 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0949544  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2658  methyltransferase small  58.9 
 
 		 317 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2509  methyltransferase small  55.27 
 
 		 317 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3252  HemK family modification methylase  54.43 
 
 		 316 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.552537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2303  methyltransferase small  53.42 
 
 		 322 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000293906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5559  hypothetical protein  51.82 
 
 		 324 aa  223  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5100  hypothetical protein  50 
 
 		 315 aa  219  7e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4912  methyltransferase small  49.39 
 
 		 324 aa  217  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.645053  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36390  hypothetical protein  53 
 
 		 316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.284313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1425  methyltransferase small  50.46 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2463  methyltransferase small  48.48 
 
 		 340 aa  203  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2378  methyltransferase small  49.35 
 
 		 341 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2685  methyltransferase small  48.48 
 
 		 341 aa  200  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3123  hypothetical protein  53 
 
 		 318 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2567  methyltransferase small  50 
 
 		 315 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.233343  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3253  carboxylate-amine ligase  50.59 
 
 		 368 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.5647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2508  carboxylate-amine ligase  50 
 
 		 368 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3015  carboxylate-amine ligase  47.43 
 
 		 373 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2301  glutamate--cysteine ligase, GCS2  42.46 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000398756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4653  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.38 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.741083  normal  0.543814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5116  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.83 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.860275  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2462  carboxylate-amine ligase  36.07 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5194  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.83 
 
 		 375 aa  100  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0366  glutamate--cysteine ligase GCS2  39.57 
 
 		 377 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.22419  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6659  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.55 
 
 		 380 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.119595  decreased coverage  0.00571731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4527  glutamate--cysteine ligase GCS2  37.57 
 
 		 374 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3891  glutamate--cysteine ligase GCS2  36.11 
 
 		 372 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.892511  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3073  glutamate--cysteine ligase GCS2  39.23 
 
 		 388 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4105  glutamate--cysteine ligase GCS2  36.16 
 
 		 389 aa  92.4  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.264037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4045  glutamate--cysteine ligase GCS2  37.5 
 
 		 374 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal  0.832603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4415  glutamate--cysteine ligase GCS2  37.22 
 
 		 374 aa  92  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2243  glutamate--cysteine ligase GCS2  38.17 
 
 		 377 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0053932  normal  0.199506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7205  carboxylate-amine ligase  34.19 
 
 		 410 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1633  carboxylate-amine ligase  30.34 
 
 		 376 aa  87  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.816499 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36370  carboxylate-amine ligase  35.39 
 
 		 404 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0201432  normal  0.850871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3119  carboxylate-amine ligase  36.2 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1749  carboxylate-amine ligase  32.43 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.589468  normal  0.393571 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0674  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.15 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.545446  normal  0.126463 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4084  carboxylate-amine ligase  33.51 
 
 		 383 aa  80.9  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4200  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.27 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1316  glutamate--cysteine ligase GCS2  28.93 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0440674  normal  0.42446 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0203  carboxylate-amine ligase  28.72 
 
 		 390 aa  76.6  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.27029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4831  carboxylate-amine ligase  25.25 
 
 		 385 aa  75.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.476623  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0633  glutamate--cysteine ligase GCS2  42.31 
 
 		 379 aa  76.3  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1911  carboxylate-amine ligase  33.15 
 
 		 378 aa  75.5  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.557399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2565  carboxylate-amine ligase  32.97 
 
 		 399 aa  75.1  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0681  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.95 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.109931  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2615  carboxylate-amine ligase  29.21 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546431 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3956  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.04 
 
 		 390 aa  73.9  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5940  carboxylate-amine ligase  33.54 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.111906 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1802  carboxylate-amine ligase  28.65 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0693  carboxylate-amine ligase  38.61 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.574582 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3061  glutamate--cysteine ligase GCS2  32.42 
 
 		 388 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.353159  normal  0.799076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4053  carboxylate-amine ligase  28.81 
 
 		 367 aa  72  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00732082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4376  glutamate--cysteine ligase GCS2  34.78 
 
 		 401 aa  70.5  0.00000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2292  hypothetical protein  31.07 
 
 		 865 aa  70.5  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382745  normal  0.649548 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2911  hypothetical protein  32.22 
 
 		 861 aa  70.1  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.69744  normal  0.672466 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5927  carboxylate-amine ligase  34.39 
 
 		 382 aa  69.7  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777707  normal  0.0696013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0436  carboxylate-amine ligase  28.19 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.524992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5230  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.06 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0238  hypothetical protein  29.49 
 
 		 494 aa  67  0.0000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4180  methyltransferase small  29 
 
 		 498 aa  67  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.385541  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2591  glutamate--cysteine ligase GCS2  31.98 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.24303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0617  bifunctional methyltransferase  27.83 
 
 		 262 aa  66.2  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.951183  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3532  hypothetical protein  33.33 
 
 		 837 aa  66.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.037259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  37.31 
 
 		 288 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0614  methylase of polypeptide chain release factor  29.61 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29170  uncharacterized enzyme  35.51 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4332  glutamate--cysteine ligase GCS2  33.33 
 
 		 380 aa  63.2  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25140  methyltransferase family protein  31.34 
 
 		 522 aa  62.4  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0616  modification methylase, HemK family  32.79 
 
 		 359 aa  62  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2601  carboxylate-amine ligase  30.18 
 
 		 383 aa  61.6  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160403 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3394  protein of unknown function DUF407  29.03 
 
 		 850 aa  61.6  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.8835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0752  modification methylase, HemK family  30.52 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141124  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2891  carboxylate-amine ligase  29.94 
 
 		 383 aa  61.6  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167009  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0289  methyltransferase small  25.3 
 
 		 484 aa  61.2  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3521  methyltransferase small  29.76 
 
 		 490 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.945022 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2903  methyltransferase protein  36.15 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.907973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16620  uncharacterized enzyme  34.58 
 
 		 398 aa  60.1  0.00000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3148  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  32.14 
 
 		 300 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709497  normal  0.0196478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3251  hypothetical protein  47.83 
 
 		 443 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2800  modification methylase, HemK family  32.14 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.668211 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2542  glutamate--cysteine ligase, GCS2  32.67 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.636637 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1468  methyltransferase small  30.6 
 
 		 494 aa  58.5  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.713657 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1581  methylase of polypeptide chain release factor  29.51 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2659  hypothetical protein  46.48 
 
 		 444 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2448  modification methylase, HemK family  34.21 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3529  carboxylate-amine ligase  30.73 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0573  carboxylate-amine ligase  34.86 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0563  carboxylate-amine ligase  34.86 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.571446 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0585  carboxylate-amine ligase  34.86 
 
 		 376 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.670394  hitchhiker  0.00946283 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_50510  predicted protein  26.6 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2204  methyltransferase small  32.52 
 
 		 536 aa  57.8  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.345571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4929  carboxylate-amine ligase  31.45 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0825516  normal  0.0204197 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0171  carboxylate-amine ligase  30.89 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0701  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.14 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.309748  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1094  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  30.3 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.747327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0736  carboxylate-amine ligase  34.86 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>