More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3252 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3252  HemK family modification methylase  100 
 
 		 316 aa  634    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.552537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2509  methyltransferase small  96.52 
 
 		 317 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3016  methyltransferase small  78.03 
 
 		 317 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2658  methyltransferase small  76.19 
 
 		 317 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2096  methyltransferase small  62.03 
 
 		 317 aa  388  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0949544  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5559  hypothetical protein  55.66 
 
 		 324 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2303  methyltransferase small  56.55 
 
 		 322 aa  319  3e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000293906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36390  hypothetical protein  56.44 
 
 		 316 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.284313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5100  hypothetical protein  55.99 
 
 		 315 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2378  methyltransferase small  50.78 
 
 		 341 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2463  methyltransferase small  50.46 
 
 		 340 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2685  methyltransferase small  51.4 
 
 		 341 aa  294  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4912  methyltransferase small  50.49 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.645053  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1425  methyltransferase small  49.51 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3123  hypothetical protein  54.4 
 
 		 318 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2567  methyltransferase small  53.11 
 
 		 315 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.233343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2978  methyltransferase small  54.43 
 
 		 461 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514386  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1870  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.01 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4180  methyltransferase small  38.6 
 
 		 498 aa  68.9  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.385541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2594  modification methylase, HemK family  37.06 
 
 		 310 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0238  hypothetical protein  35.66 
 
 		 494 aa  66.2  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0752  modification methylase, HemK family  30.14 
 
 		 262 aa  66.2  0.0000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141124  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0543  bifunctional methyltransferase  33.63 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0182  hypothetical protein  32.19 
 
 		 202 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.56568  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1657  modification methylase,HemK family  36.8 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0578  hypothetical protein  30.14 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00141674  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0564  hypothetical protein  30.14 
 
 		 202 aa  64.7  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000796636  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0617  bifunctional methyltransferase  38.36 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.951183  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0614  methylase of polypeptide chain release factor  27.98 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2252  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.61 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0889  HemK family modification methylase  35.48 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.142324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3373  modification methylase, HemK family  34.03 
 
 		 285 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.359412  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4060  HemK family modification methylase  35.81 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.867838  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1017  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.33 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1430  modification methylase, HemK family  39.51 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000467016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07230  methylase of polypeptide chain release factors  33.88 
 
 		 227 aa  62.4  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.242391  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2223  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.85 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4471  HemK family modification methylase  29.94 
 
 		 280 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.44182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9295  Methylase of polypeptide chain release factors- like protein  38.46 
 
 		 480 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0790  methyltransferase small  35.65 
 
 		 198 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.196081  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3521  methyltransferase small  39.56 
 
 		 490 aa  61.6  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.945022 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0957  methyltransferase small  26.49 
 
 		 202 aa  61.6  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2092  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.43 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1277  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.07 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0068  HemK family modification methylase  32.69 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0289  methyltransferase small  33.63 
 
 		 484 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3142  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.64 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.764065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1322  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2758  methyltransferase small  35.07 
 
 		 515 aa  59.7  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.704444  decreased coverage  0.00000342693 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1467  methyltransferase small  38.78 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000184007 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1236  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.07 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0616  modification methylase, HemK family  30.08 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1094  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  27.66 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.747327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1808  modification methylase, HemK family  33.33 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1468  methyltransferase small  35.38 
 
 		 494 aa  59.3  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.713657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2197  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.14 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2494  modification methylase HemK  34.25 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977942  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02255  N5-glutamine methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0453  HemK family modification methylase  32.69 
 
 		 288 aa  58.9  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2625  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1723  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.01 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01259  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.85 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1546  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  32.35 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02215  hypothetical protein  35.29 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3930  modification methylase, HemK family  35.25 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.4851  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2204  methyltransferase small  36.13 
 
 		 536 aa  58.5  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.345571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.83 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1326  modification methylase, HemK family  35.29 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.695473  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2708  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1460  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.34 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2482  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0779  Methyltransferase type 12  37.59 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0455874  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3471  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32720  methyltransferase family protein  42.7 
 
 		 549 aa  57.8  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.676312  normal  0.572008 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2487  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.29 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0920216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  34.25 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3103  HemK family modification methylase  32.65 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1287  modification methylase, HemK family  34.35 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1427  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  29.85 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0866  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.33 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  31.93 
 
 		 353 aa  57  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2522  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  28.98 
 
 		 340 aa  57  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2878  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.06 
 
 		 310 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123822  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0579  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  38.17 
 
 		 280 aa  57  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.257802 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  31.93 
 
 		 353 aa  57  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0850  HemK family modification methylase  37.59 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1383  HemK family modification methylase  34.59 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2336  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.34 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.57 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1581  methylase of polypeptide chain release factor  31.4 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1723  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.07 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.290755  normal  0.149548 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.41 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0950  modification methylase HemK  33.58 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0096  HemK family modification methylase  32.43 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2691  putative protoporphyrinogen oxidase  31.48 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0268628  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2540  modification methylase, HemK family  35.77 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000199798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3148  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  33.94 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709497  normal  0.0196478 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0173  ribosomal protein L3 N-methyltransferase  34.06 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18041  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0352  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  34.06 
 
 		 303 aa  55.8  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.576834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1536  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.33 
 
 		 314 aa  55.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>