More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3016 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3016  methyltransferase small  100 
 
 
317 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2658  methyltransferase small  77.78 
 
 
317 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3252  HemK family modification methylase  78.03 
 
 
316 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.552537  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2509  methyltransferase small  78.41 
 
 
317 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2096  methyltransferase small  63.06 
 
 
317 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0949544  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5559  hypothetical protein  56.72 
 
 
324 aa  335  7e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2303  methyltransferase small  57.59 
 
 
322 aa  332  4e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000293906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36390  hypothetical protein  57.84 
 
 
316 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.284313  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5100  hypothetical protein  57.24 
 
 
315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4912  methyltransferase small  52.79 
 
 
324 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.645053  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2463  methyltransferase small  51.23 
 
 
340 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2378  methyltransferase small  52.22 
 
 
341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2685  methyltransferase small  52.23 
 
 
341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3123  hypothetical protein  57.14 
 
 
318 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1425  methyltransferase small  51.48 
 
 
321 aa  296  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2567  methyltransferase small  53.33 
 
 
315 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.233343  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2978  methyltransferase small  58.9 
 
 
461 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514386  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1870  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.04 
 
 
299 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0752  modification methylase, HemK family  30.82 
 
 
262 aa  74.3  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141124  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1236  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  36.59 
 
 
303 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0238  hypothetical protein  36.05 
 
 
494 aa  70.9  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0617  bifunctional methyltransferase  25.99 
 
 
262 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.951183  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4180  methyltransferase small  38.97 
 
 
498 aa  70.1  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.385541  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4471  HemK family modification methylase  34.62 
 
 
280 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.44182  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1383  HemK family modification methylase  38.35 
 
 
289 aa  66.6  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9295  Methylase of polypeptide chain release factors- like protein  34.38 
 
 
480 aa  66.2  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0578  hypothetical protein  33.56 
 
 
202 aa  66.2  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00141674  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0564  hypothetical protein  33.56 
 
 
202 aa  66.2  0.0000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000796636  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1322  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2594  modification methylase, HemK family  36.54 
 
 
310 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07230  methylase of polypeptide chain release factors  35.59 
 
 
227 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.242391  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3521  methyltransferase small  37.7 
 
 
490 aa  65.1  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.945022 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0614  methylase of polypeptide chain release factor  30.26 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2197  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.16 
 
 
317 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  36.11 
 
 
288 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02255  N5-glutamine methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2625  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3471  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1277  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  32.28 
 
 
330 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02215  hypothetical protein  37.5 
 
 
310 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0957  methyltransferase small  26.45 
 
 
202 aa  63.9  0.000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1326  modification methylase, HemK family  37.5 
 
 
310 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.695473  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2487  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0920216  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2708  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  63.5  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2482  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
310 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0289  methyltransferase small  37.17 
 
 
484 aa  63.5  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0616  modification methylase, HemK family  33.08 
 
 
359 aa  62.8  0.000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2758  methyltransferase small  35.07 
 
 
515 aa  62  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.704444  decreased coverage  0.00000342693 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.93 
 
 
333 aa  62  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1427  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  30.86 
 
 
306 aa  62  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1467  methyltransferase small  35.97 
 
 
207 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000184007 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1344  modification methylase, HemK family  36.67 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.206784  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0828  methyltransferase small  31.62 
 
 
414 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.267294  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3103  HemK family modification methylase  36.43 
 
 
284 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0182  hypothetical protein  33.56 
 
 
202 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.56568  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2878  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.67 
 
 
310 aa  61.6  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123822  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1693  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.69 
 
 
277 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0062068  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0905  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  28.19 
 
 
367 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1555  methyltransferase small  36.52 
 
 
225 aa  61.6  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2336  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  31.69 
 
 
276 aa  60.8  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2540  modification methylase, HemK family  36.59 
 
 
293 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000199798  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4060  HemK family modification methylase  36.69 
 
 
284 aa  60.8  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.867838  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2152  HemK family modification methylase  38.85 
 
 
287 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1581  methylase of polypeptide chain release factor  32.2 
 
 
275 aa  60.8  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3373  modification methylase, HemK family  34.72 
 
 
285 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.359412  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1723  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  32.91 
 
 
299 aa  60.5  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2204  methyltransferase small  31.66 
 
 
536 aa  60.5  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.345571  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1094  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  31.21 
 
 
277 aa  60.1  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.747327  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0635  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.45 
 
 
311 aa  59.7  0.00000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.312814 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1930  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  59.7  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00345869  normal  0.0875835 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1430  modification methylase, HemK family  31.2 
 
 
273 aa  59.7  0.00000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000467016  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1783  modification methylase, HemK family  26.43 
 
 
281 aa  59.7  0.00000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1076  HemK family modification methylase  29.94 
 
 
276 aa  59.3  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.260993  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0097  methyltransferase  33.04 
 
 
199 aa  59.3  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00285716  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6044  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  29.73 
 
 
302 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2052  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  29.73 
 
 
302 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0112  ybxB protein  33.04 
 
 
199 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.23527e-62 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2033  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  29.73 
 
 
302 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.72335  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2252  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  32.88 
 
 
310 aa  59.3  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1364  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000140112  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01187  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0101  ybxB protein  33.04 
 
 
199 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.021137  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1912  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0101  ybxB protein  33.04 
 
 
199 aa  58.9  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0743942  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0095  methyltransferase  33.04 
 
 
199 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00417025  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2351  modification methylase, HemK family  32.21 
 
 
288 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00004074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1548  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.299317 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1376  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000091189  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2691  putative protoporphyrinogen oxidase  38.28 
 
 
287 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0268628  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5342  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.17 
 
 
302 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.248269 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0101  methyltransferase  33.04 
 
 
199 aa  58.9  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00115806  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.25 
 
 
342 aa  58.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0779  Methyltransferase type 12  39.85 
 
 
280 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0455874  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1317  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000106766  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0790  methyltransferase small  35.65 
 
 
198 aa  58.9  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.196081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1360  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000216637  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1970  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.99 
 
 
277 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.017955  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0543  bifunctional methyltransferase  31.86 
 
 
261 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0374  methyltransferase small  38.14 
 
 
486 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0335186  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1382  methyltransferase small  36.71 
 
 
507 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>