More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2303 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2303  methyltransferase small  100 
 
 		 322 aa  656    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000293906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2096  methyltransferase small  57.32 
 
 		 317 aa  352  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0949544  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3016  methyltransferase small  57.95 
 
 		 317 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2658  methyltransferase small  56.62 
 
 		 317 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36390  hypothetical protein  55.59 
 
 		 316 aa  335  9e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.284313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2509  methyltransferase small  56.95 
 
 		 317 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1425  methyltransferase small  54.22 
 
 		 321 aa  325  6e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3252  HemK family modification methylase  56.95 
 
 		 316 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.552537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3123  hypothetical protein  55.87 
 
 		 318 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4912  methyltransferase small  52.27 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.645053  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5559  hypothetical protein  48.42 
 
 		 324 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5100  hypothetical protein  49.51 
 
 		 315 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2463  methyltransferase small  49.68 
 
 		 340 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2378  methyltransferase small  49.05 
 
 		 341 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2685  methyltransferase small  49.35 
 
 		 341 aa  286  4e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2567  methyltransferase small  51.99 
 
 		 315 aa  279  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.233343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2978  methyltransferase small  53.42 
 
 		 461 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514386  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0578  hypothetical protein  35.66 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00141674  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0564  hypothetical protein  35.66 
 
 		 202 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000796636  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  37.4 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0182  hypothetical protein  31.87 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.56568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0779  Methyltransferase type 12  37.41 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0455874  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0614  methylase of polypeptide chain release factor  30.67 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0238  hypothetical protein  31.46 
 
 		 494 aa  67.4  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0850  HemK family modification methylase  37.41 
 
 		 280 aa  67  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10590  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  32.98 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.898272  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5204  ybxB protein  32.74 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000704133  unclonable  8.56715e-26 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2935  methyltransferase small  34.51 
 
 		 196 aa  65.9  0.0000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3620  methyltransferase small  35.63 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000543036  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0030  methylase  33.9 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0752  modification methylase, HemK family  34.04 
 
 		 262 aa  65.1  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141124  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07230  methylase of polypeptide chain release factors  33.33 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.242391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0597  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  34.19 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000828022  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0617  bifunctional methyltransferase  24.64 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.951183  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0122  ybxB protein  31.86 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000225895  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1344  modification methylase, HemK family  35.34 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.206784  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0101  ybxB protein  30.91 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0743942  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0097  methyltransferase  31.86 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00285716  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0095  methyltransferase  31.86 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00417025  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0957  methyltransferase small  26.96 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0101  methyltransferase  30.91 
 
 		 199 aa  63.5  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00115806  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0112  ybxB protein  31.86 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.23527e-62 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2691  putative protoporphyrinogen oxidase  36.92 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0268628  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0132  ybxB protein  31.86 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000351533  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1581  methylase of polypeptide chain release factor  32.79 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0101  ybxB protein  31.86 
 
 		 199 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.021137  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1467  methyltransferase small  39.47 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000184007 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3665  HemK family modification methylase  37.21 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0352  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  36.03 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.576834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0173  ribosomal protein L3 N-methyltransferase  36.03 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18041  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1783  modification methylase, HemK family  29.69 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1050  protein methyltransferase HemK  31.69 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2448  modification methylase, HemK family  40 
 
 		 361 aa  62.4  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2522  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  36.57 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2077  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.79 
 
 		 308 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1585  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  28.57 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.123528  normal  0.907026 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1273  methyltransferase small  29.03 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0395  modification methylase, HemK family  38.21 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0202  protoporphyrinogen oxidase  25 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9295  Methylase of polypeptide chain release factors- like protein  33.33 
 
 		 480 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0582  methyltransferase small domain protein  39.33 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.719477 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0393  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  38.71 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2428  HemK family modification methylase  31.4 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.185206  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1694  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  35.53 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.886603  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4471  HemK family modification methylase  31.33 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.44182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0365  16S RNA G1207 methylase RsmC  31.86 
 
 		 217 aa  60.5  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000491167 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1465  methyltransferase small  37.7 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0738691  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0096  methyltransferase small  29.2 
 
 		 199 aa  60.8  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0441969  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0895  methylase  30.15 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1114  HemK family modification methylase  37.88 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.026044 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3373  modification methylase, HemK family  30.3 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.359412  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1732  putative protein methyltransferase  34.44 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.79 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4060  HemK family modification methylase  33.58 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.867838  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0573  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.58 
 
 		 318 aa  59.7  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0849  HemK family modification methylase  39.23 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  0.576692 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0794  protoporphyrinogen oxidase  29.46 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3684  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  31.01 
 
 		 280 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0936698  normal  0.949739 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0921  HemK family modification methylase  31.34 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00723704  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2878  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.07 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123822  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0068  HemK family modification methylase  30.69 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0303  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.58 
 
 		 340 aa  59.3  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.75 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2010  methyltransferase small  38.46 
 
 		 199 aa  58.5  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1287  modification methylase, HemK family  30.23 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.890968  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2758  methyltransferase small  33.81 
 
 		 515 aa  58.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.704444  decreased coverage  0.00000342693 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1821  modification methylase HemK  43.04 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19230  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  35.26 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.98444  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0289  methyltransferase small  31.54 
 
 		 484 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0486  methyltransferase small  31.36 
 
 		 508 aa  58.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.120857  decreased coverage  0.00163272 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1608  modification methylase, HemK family protein  30.93 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0638974  normal  0.595082 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2911  HemK family modification methylase  31.78 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.931835 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02255  N5-glutamine methyltransferase  35.34 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1326  modification methylase, HemK family  35.34 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.695473  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1738  ribosomal L11 methyltransferase  35.05 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2625  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.34 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2708  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.34 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2487  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.34 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0920216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1468  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  30.91 
 
 		 314 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0232293 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3471  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.34 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>