More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5559 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5559  hypothetical protein  100 
 
 
324 aa  662    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5100  hypothetical protein  89.64 
 
 
315 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2096  methyltransferase small  60.86 
 
 
317 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0949544  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3016  methyltransferase small  56.72 
 
 
317 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2658  methyltransferase small  56.39 
 
 
317 aa  334  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36390  hypothetical protein  53.02 
 
 
316 aa  316  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.284313  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3252  HemK family modification methylase  55.12 
 
 
316 aa  315  6e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.552537  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2509  methyltransferase small  54.79 
 
 
317 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2463  methyltransferase small  53.21 
 
 
340 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2685  methyltransferase small  52.56 
 
 
341 aa  298  7e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3123  hypothetical protein  52.83 
 
 
318 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.838467  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2378  methyltransferase small  51.28 
 
 
341 aa  291  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2303  methyltransferase small  50 
 
 
322 aa  290  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000293906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4912  methyltransferase small  49.04 
 
 
324 aa  288  9e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.645053  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1425  methyltransferase small  47.62 
 
 
321 aa  280  3e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.521337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2567  methyltransferase small  51.8 
 
 
315 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.233343  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2978  methyltransferase small  51.82 
 
 
461 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514386  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0068  HemK family modification methylase  44.55 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0129  modification methylase HemK family  37.4 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1930  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  36.42 
 
 
277 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00345869  normal  0.0875835 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0611  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  34.29 
 
 
289 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0680432  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1808  modification methylase, HemK family  42.16 
 
 
304 aa  70.9  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01187  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2435  modification methylase, HemK family  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000273113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1360  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000216637  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3046  modification methylase HemK  33.51 
 
 
289 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01197  hypothetical protein  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.337876  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1317  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000106766  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1376  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000091189  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2414  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.69 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0911991  hitchhiker  0.0000261137 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0096  HemK family modification methylase  36.59 
 
 
292 aa  70.1  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.202928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1693  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.69 
 
 
277 aa  69.7  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0062068  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3373  modification methylase, HemK family  33.09 
 
 
285 aa  69.3  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.359412  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4471  HemK family modification methylase  33.33 
 
 
280 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.44182  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0616  modification methylase, HemK family  39.47 
 
 
359 aa  68.9  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0779  Methyltransferase type 12  38.93 
 
 
280 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0455874  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0752  modification methylase, HemK family  31.82 
 
 
262 aa  68.2  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000141124  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1651  HemK family modification methylase  37.93 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.790861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0850  HemK family modification methylase  38.93 
 
 
280 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1723  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.4 
 
 
299 aa  67  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2336  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  32.95 
 
 
276 aa  66.6  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1094  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  30.49 
 
 
277 aa  66.2  0.0000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.747327  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0511  HemK family modification methylase  33.96 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.076185 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0614  methylase of polypeptide chain release factor  36.79 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0921  HemK family modification methylase  33.54 
 
 
284 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00723704  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2092  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  26.4 
 
 
300 aa  65.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0289  methyltransferase small  26.74 
 
 
484 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1906  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.81 
 
 
277 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0613255  normal  0.396695 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1912  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.81 
 
 
277 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3832  hemK family protein  39.29 
 
 
286 aa  64.7  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1364  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.81 
 
 
277 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000140112  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1970  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.81 
 
 
277 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.017955  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1548  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.81 
 
 
277 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.299317 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3250  protein methyltransferase hemK  42.31 
 
 
288 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0880397 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1236  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  36.09 
 
 
303 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3665  HemK family modification methylase  38.93 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608635  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1530  HemK family modification methylase  39.09 
 
 
286 aa  64.3  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1430  modification methylase, HemK family  38.16 
 
 
273 aa  63.9  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000467016  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0798  HemK family modification methylase  37.5 
 
 
286 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152142  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0790  methyltransferase small  33.04 
 
 
198 aa  64.3  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.196081  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3005  HemK family modification methylase  36.03 
 
 
288 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0521  HemK protein, putative protoporphyrinogen oxidase  36.72 
 
 
274 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0058  methyltransferase small  30.43 
 
 
186 aa  63.5  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.505565 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0724  modification methylase, HemK family protein  40.45 
 
 
284 aa  63.9  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0173  ribosomal protein L3 N-methyltransferase  37.5 
 
 
303 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18041  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0352  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  37.5 
 
 
303 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.576834  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3168  HemK family modification methylase  37.5 
 
 
286 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0770  HemK family modification methylase  37.5 
 
 
286 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.163126  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5477  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  38.52 
 
 
289 aa  63.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1870  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  34.85 
 
 
299 aa  63.2  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0578  hypothetical protein  33.9 
 
 
202 aa  62.8  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00141674  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0950  modification methylase HemK  47.37 
 
 
277 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0564  hypothetical protein  33.9 
 
 
202 aa  62.8  0.000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000796636  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5313  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  36.67 
 
 
276 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1017  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  28.76 
 
 
303 aa  62.8  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1535  modification methylase, HemK family  29.7 
 
 
288 aa  62  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0187998  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1326  modification methylase, HemK family  39.69 
 
 
310 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.695473  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0182  hypothetical protein  34.75 
 
 
202 aa  62.4  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.56568  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07230  methylase of polypeptide chain release factors  34.17 
 
 
227 aa  62  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.242391  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2487  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.69 
 
 
310 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0920216  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2708  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.69 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0267  HemK family modification methylase  37.11 
 
 
283 aa  62.4  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2467  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.07 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.466168  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0765  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  43.33 
 
 
275 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.267052  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2197  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.94 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2482  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  39.69 
 
 
310 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0278  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.21 
 
 
318 aa  62  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1783  methylase of polypeptide chain release factor  33.64 
 
 
330 aa  62.4  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0617  bifunctional methyltransferase  38.67 
 
 
262 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.951183  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0999  HemK family modification methylase  34.19 
 
 
281 aa  61.2  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1546  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  35.34 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0093  HemK family modification methylase  37.27 
 
 
279 aa  61.6  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.165478  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1854  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.83 
 
 
302 aa  61.2  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1309  modification methylase, HemK family  30.67 
 
 
297 aa  61.2  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.114861 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0851  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific  40 
 
 
297 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0252199  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04588  protein methyltransferase HemK (Protein-glutamine N-methyltransferase hemK) (Protein-(glutamine-N5) MTase hemK)  43.21 
 
 
281 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0701  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  38.1 
 
 
321 aa  60.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.309748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1322  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  36.3 
 
 
310 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2476  HemK family modification methylase  44.74 
 
 
284 aa  60.8  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1536  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  33.33 
 
 
314 aa  60.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>