More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3230 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
342 aa  706    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  69.5 
 
 
345 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.29 
 
 
343 aa  483  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  66.17 
 
 
353 aa  478  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  65.5 
 
 
353 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  65.2 
 
 
353 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  65.79 
 
 
353 aa  481  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.5 
 
 
347 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.2 
 
 
347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  64.81 
 
 
341 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.2 
 
 
347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  64.91 
 
 
347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.2 
 
 
347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  64.53 
 
 
345 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  62.61 
 
 
345 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  62.5 
 
 
320 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.35 
 
 
341 aa  242  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  37.46 
 
 
341 aa  237  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  36.28 
 
 
353 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.99 
 
 
349 aa  233  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  36.09 
 
 
340 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  38.9 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.18 
 
 
333 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.41 
 
 
332 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.71 
 
 
332 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.42 
 
 
332 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.82 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.81 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.82 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.82 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.82 
 
 
342 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.82 
 
 
342 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.82 
 
 
342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.99 
 
 
347 aa  193  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.33 
 
 
343 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  38.96 
 
 
332 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  32.6 
 
 
360 aa  189  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  34.39 
 
 
357 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.61 
 
 
343 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.61 
 
 
343 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  35.61 
 
 
343 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.61 
 
 
343 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.61 
 
 
343 aa  187  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.61 
 
 
343 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.81 
 
 
347 aa  186  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.38 
 
 
342 aa  186  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.9 
 
 
348 aa  186  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.62 
 
 
332 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.09 
 
 
347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.63 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.09 
 
 
347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.09 
 
 
347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.31 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.31 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.31 
 
 
343 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.1 
 
 
331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.8 
 
 
332 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.9 
 
 
376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
344 aa  172  9e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.35 
 
 
353 aa  153  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.69 
 
 
333 aa  150  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  33.33 
 
 
312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  33.33 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  32.79 
 
 
308 aa  123  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.77 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  31.84 
 
 
336 aa  116  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.69 
 
 
402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.69 
 
 
378 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.58 
 
 
374 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  30.66 
 
 
301 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.69 
 
 
378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.26 
 
 
378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0751  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  33.8 
 
 
377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.32 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  37.57 
 
 
309 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4510  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.32 
 
 
374 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.47 
 
 
424 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4648  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.95 
 
 
374 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4645  methyltransferase, putative  32.97 
 
 
374 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61090  hypothetical protein  33.69 
 
 
374 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  33.69 
 
 
374 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.37 
 
 
383 aa  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.75 
 
 
377 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2106  methyltransferase small  28.36 
 
 
312 aa  106  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0215921 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4890  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.77 
 
 
374 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0790  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.57 
 
 
374 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.960699  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.48 
 
 
379 aa  106  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  29.12 
 
 
377 aa  105  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.11 
 
 
379 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  30.74 
 
 
305 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.18 
 
 
419 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  29.71 
 
 
377 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07730  rRNA (guanine-N(2))-methyltransferase  32.84 
 
 
374 aa  104  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4279  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.12 
 
 
374 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28 
 
 
356 aa  103  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1886  hypothetical protein  28.07 
 
 
416 aa  103  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.112919  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  24.93 
 
 
382 aa  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  30.29 
 
 
378 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.29 
 
 
378 aa  102  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  30.29 
 
 
378 aa  102  8e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>