More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0540 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
345 aa  716    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  67.25 
 
 
353 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  66.96 
 
 
353 aa  474  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.86 
 
 
345 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  66.96 
 
 
353 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  66.38 
 
 
353 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.86 
 
 
347 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.28 
 
 
347 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.28 
 
 
347 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.28 
 
 
347 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.28 
 
 
347 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  64.22 
 
 
343 aa  461  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.69 
 
 
345 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  62.61 
 
 
342 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  61.58 
 
 
341 aa  430  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  58.02 
 
 
320 aa  375  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.64 
 
 
349 aa  232  7.000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  34.21 
 
 
353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  35.09 
 
 
341 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  35.38 
 
 
341 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  34.41 
 
 
340 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  33.24 
 
 
357 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  39.08 
 
 
360 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.9 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.31 
 
 
342 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.31 
 
 
342 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  37.81 
 
 
331 aa  187  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.71 
 
 
347 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.02 
 
 
342 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.02 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.28 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  32.65 
 
 
332 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  36.09 
 
 
332 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  32.84 
 
 
343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  180  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  180  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  179  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.87 
 
 
332 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.76 
 
 
343 aa  179  8e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.65 
 
 
332 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.67 
 
 
333 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.72 
 
 
342 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.84 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.86 
 
 
342 aa  172  9e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  32.07 
 
 
332 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.43 
 
 
347 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.43 
 
 
347 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.43 
 
 
347 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.16 
 
 
332 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.55 
 
 
347 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.51 
 
 
353 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  36.09 
 
 
332 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.45 
 
 
344 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.95 
 
 
332 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.34 
 
 
331 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.56 
 
 
376 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.55 
 
 
333 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  29.29 
 
 
382 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  28.04 
 
 
305 aa  105  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.4 
 
 
365 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.74 
 
 
378 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  29.32 
 
 
378 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  35.12 
 
 
308 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  33.51 
 
 
378 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.51 
 
 
378 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  36.31 
 
 
378 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  36.31 
 
 
378 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  33.51 
 
 
378 aa  102  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  36.31 
 
 
378 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.51 
 
 
378 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.02 
 
 
384 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  36.31 
 
 
378 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  33.51 
 
 
378 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  36.31 
 
 
378 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  32.98 
 
 
378 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  33.73 
 
 
312 aa  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  32.98 
 
 
378 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.04 
 
 
333 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  27.71 
 
 
308 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  33.33 
 
 
378 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  33.18 
 
 
336 aa  99.8  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.14 
 
 
379 aa  99.4  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  35.67 
 
 
309 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.13 
 
 
379 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  33.33 
 
 
356 aa  99  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4648  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.46 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  26.77 
 
 
336 aa  97.8  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.97 
 
 
378 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  27.51 
 
 
328 aa  97.8  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4510  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.09 
 
 
374 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.27 
 
 
378 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.92 
 
 
402 aa  96.3  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.66 
 
 
374 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.95 
 
 
383 aa  95.9  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0751  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  30.37 
 
 
377 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.15 
 
 
379 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>