More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002588 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  92.08 
 
 
341 aa  667    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  100 
 
 
341 aa  713    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  63.91 
 
 
353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  62.94 
 
 
340 aa  462  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.14 
 
 
349 aa  276  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.12 
 
 
342 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.12 
 
 
342 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.12 
 
 
342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.12 
 
 
342 aa  269  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  42.82 
 
 
342 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.82 
 
 
342 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.06 
 
 
343 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.76 
 
 
343 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.76 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.76 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.76 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  40.76 
 
 
343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.64 
 
 
344 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.06 
 
 
347 aa  264  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.76 
 
 
343 aa  263  3e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.47 
 
 
343 aa  263  4e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.47 
 
 
343 aa  263  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  42.52 
 
 
348 aa  262  8e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.41 
 
 
342 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.64 
 
 
347 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.06 
 
 
347 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.06 
 
 
347 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  41.06 
 
 
347 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.35 
 
 
342 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  39.03 
 
 
357 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  36.39 
 
 
353 aa  224  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.01 
 
 
332 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  37.69 
 
 
332 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.87 
 
 
347 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.87 
 
 
347 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.87 
 
 
347 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.84 
 
 
347 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.58 
 
 
347 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
333 aa  222  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.34 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.34 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.98 
 
 
345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.04 
 
 
353 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.09 
 
 
343 aa  219  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.5 
 
 
331 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.31 
 
 
332 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.72 
 
 
332 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  39.4 
 
 
332 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.27 
 
 
320 aa  216  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  37.91 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  38.81 
 
 
332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.02 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.35 
 
 
332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.54 
 
 
341 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.19 
 
 
345 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.92 
 
 
343 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.38 
 
 
345 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.62 
 
 
333 aa  193  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  35.23 
 
 
360 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.5 
 
 
353 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.58 
 
 
376 aa  176  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.81 
 
 
365 aa  129  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.69 
 
 
384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  30.97 
 
 
382 aa  114  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.29 
 
 
378 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.93 
 
 
402 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.11 
 
 
378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.29 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.96 
 
 
356 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.74 
 
 
378 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  29.33 
 
 
377 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.37 
 
 
377 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  29.96 
 
 
378 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.96 
 
 
378 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  29.96 
 
 
378 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.96 
 
 
378 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  30.32 
 
 
378 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  29.96 
 
 
378 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  29.96 
 
 
378 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.22 
 
 
394 aa  103  6e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  29.96 
 
 
378 aa  102  6e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  29.96 
 
 
378 aa  102  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.62 
 
 
377 aa  102  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.76 
 
 
379 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  28.62 
 
 
377 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.4 
 
 
379 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.6 
 
 
401 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0500  methyltransferase family protein  26.24 
 
 
395 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1094  methyltransferase family protein  26.24 
 
 
395 aa  100  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0562  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.24 
 
 
395 aa  100  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  28.73 
 
 
378 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.2 
 
 
378 aa  99.4  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  29.2 
 
 
378 aa  99.4  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.89 
 
 
407 aa  99  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  29.2 
 
 
378 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  29.2 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  28.47 
 
 
378 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.16 
 
 
392 aa  96.3  7e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0098  methyltransferase small  32.28 
 
 
202 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2935  methyltransferase small  30.65 
 
 
196 aa  95.5  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>