242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00279 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  100 
 
 
360 aa  751    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.85 
 
 
343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  35.16 
 
 
357 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.7 
 
 
349 aa  206  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.79 
 
 
333 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.31 
 
 
347 aa  202  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.45 
 
 
347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.45 
 
 
347 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.45 
 
 
347 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.45 
 
 
347 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.73 
 
 
332 aa  196  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  40.61 
 
 
332 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  39.18 
 
 
353 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  39.23 
 
 
340 aa  194  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  35.23 
 
 
341 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.99 
 
 
331 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.08 
 
 
345 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  37.46 
 
 
341 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  39.03 
 
 
332 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.17 
 
 
332 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39 
 
 
320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.2 
 
 
331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.6 
 
 
342 aa  189  5e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.7 
 
 
343 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.84 
 
 
341 aa  189  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.95 
 
 
353 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.95 
 
 
353 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  39.54 
 
 
332 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.58 
 
 
353 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.88 
 
 
345 aa  186  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  38.95 
 
 
353 aa  186  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.08 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.08 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.08 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.71 
 
 
332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.41 
 
 
332 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.08 
 
 
344 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.38 
 
 
347 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.2 
 
 
332 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  40.08 
 
 
342 aa  182  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.98 
 
 
345 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.52 
 
 
376 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.52 
 
 
348 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.11 
 
 
343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.11 
 
 
343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
342 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  36.11 
 
 
343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
342 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.76 
 
 
343 aa  172  5.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
342 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.76 
 
 
343 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.76 
 
 
343 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.76 
 
 
343 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
342 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
343 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.98 
 
 
343 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
342 aa  171  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.74 
 
 
342 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.22 
 
 
347 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.97 
 
 
353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.1 
 
 
333 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  29 
 
 
305 aa  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.07 
 
 
356 aa  114  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  29.85 
 
 
379 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  25.56 
 
 
336 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  31.7 
 
 
312 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  31.95 
 
 
308 aa  102  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1755  methyltransferase small  29.36 
 
 
344 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000164104  normal  0.0951984 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1343  methyltransferase small  33.91 
 
 
364 aa  99.8  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.286758  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.79 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.92 
 
 
378 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2236  methyltransferase small  29.31 
 
 
303 aa  98.2  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.59 
 
 
383 aa  97.8  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  31.15 
 
 
308 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.69 
 
 
378 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.05 
 
 
402 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2106  methyltransferase small  26.44 
 
 
312 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0215921 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0545  methyltransferase small  29.15 
 
 
333 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.43 
 
 
377 aa  96.3  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.43 
 
 
377 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.71 
 
 
378 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  25.79 
 
 
356 aa  95.5  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  26.33 
 
 
377 aa  94.4  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.37 
 
 
379 aa  95.1  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  27.07 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.07 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  27.07 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  28.17 
 
 
377 aa  94  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.07 
 
 
378 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0058  methyltransferase small  32.97 
 
 
186 aa  94  4e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.505565 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.33 
 
 
333 aa  92.8  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  27.07 
 
 
378 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  28.89 
 
 
301 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2340  methyltransferase small  27.92 
 
 
333 aa  92.4  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.271786 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  27.04 
 
 
328 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  26.42 
 
 
378 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  26.69 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  26.69 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  26.42 
 
 
378 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.07 
 
 
378 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>