More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4427 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
331 aa  669    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  89.43 
 
 
332 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  89.73 
 
 
332 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  89.39 
 
 
332 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  73.41 
 
 
332 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  71.6 
 
 
332 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  70.69 
 
 
332 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  71.3 
 
 
331 aa  482  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  71.3 
 
 
332 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  69.79 
 
 
333 aa  462  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  70.09 
 
 
332 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  38.81 
 
 
353 aa  230  2e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  38.21 
 
 
341 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.02 
 
 
341 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  37.2 
 
 
340 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.35 
 
 
349 aa  209  8e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.9 
 
 
343 aa  203  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.72 
 
 
347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.58 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  37.99 
 
 
360 aa  196  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.8 
 
 
342 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.05 
 
 
342 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.17 
 
 
342 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.17 
 
 
342 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.87 
 
 
343 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.98 
 
 
343 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.98 
 
 
343 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  37.98 
 
 
343 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.63 
 
 
343 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.91 
 
 
347 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.28 
 
 
342 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.91 
 
 
347 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.91 
 
 
347 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.69 
 
 
343 aa  189  4e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  33.33 
 
 
357 aa  189  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.69 
 
 
343 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.69 
 
 
343 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.69 
 
 
343 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.69 
 
 
343 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.17 
 
 
347 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.28 
 
 
342 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.28 
 
 
342 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.87 
 
 
348 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.23 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.35 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.35 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.35 
 
 
347 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.35 
 
 
347 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.82 
 
 
344 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.04 
 
 
347 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.41 
 
 
345 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  33.63 
 
 
353 aa  179  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  33.63 
 
 
353 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.32 
 
 
341 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.82 
 
 
376 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.17 
 
 
353 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.34 
 
 
345 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  33.33 
 
 
353 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.12 
 
 
320 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  34.12 
 
 
353 aa  172  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.28 
 
 
333 aa  161  2e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.17 
 
 
365 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3436  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.21 
 
 
412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.96 
 
 
356 aa  112  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.26 
 
 
383 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.41 
 
 
407 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.7 
 
 
419 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  37.43 
 
 
382 aa  106  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.52 
 
 
424 aa  105  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.77 
 
 
384 aa  104  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.15 
 
 
401 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.44 
 
 
378 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.15 
 
 
377 aa  102  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.14 
 
 
378 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.81 
 
 
402 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.8 
 
 
378 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  28.15 
 
 
377 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  28.93 
 
 
377 aa  100  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.15 
 
 
392 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.43 
 
 
378 aa  99.4  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.21 
 
 
377 aa  99.4  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.84 
 
 
383 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  32.62 
 
 
336 aa  96.3  6e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  28.52 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  26.78 
 
 
378 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  26.78 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  28.78 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  26.5 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.5 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  26.5 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  32.77 
 
 
305 aa  94  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  27.07 
 
 
378 aa  94  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  26.21 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.5 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  26.21 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  24.03 
 
 
392 aa  94  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.44 
 
 
379 aa  93.6  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  28.52 
 
 
340 aa  93.2  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23400  16S RNA G1207 methylase RsmC  34.02 
 
 
411 aa  92.8  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.498455  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  28.27 
 
 
312 aa  92  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>