More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0930 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  84.35 
 
 
378 aa  677    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  89.92 
 
 
377 aa  711    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  84.08 
 
 
402 aa  671    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  83.82 
 
 
378 aa  673    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  83.82 
 
 
378 aa  672    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
377 aa  780    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  97.35 
 
 
377 aa  761    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  97.35 
 
 
377 aa  759    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  84.62 
 
 
378 aa  678    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  74.08 
 
 
424 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  71.99 
 
 
419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3436  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  72.51 
 
 
412 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  71.2 
 
 
383 aa  568  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  71.05 
 
 
401 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  67.44 
 
 
392 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  56.88 
 
 
383 aa  434  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  44.47 
 
 
379 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  43.77 
 
 
392 aa  293  5e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  43.3 
 
 
385 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3506  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  45.08 
 
 
385 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.71 
 
 
379 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0562  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.89 
 
 
395 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1094  methyltransferase family protein  42.89 
 
 
395 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0500  methyltransferase family protein  42.89 
 
 
395 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  43.01 
 
 
379 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3380  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  44.18 
 
 
380 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.18 
 
 
382 aa  280  3e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  42.2 
 
 
378 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  42.45 
 
 
382 aa  277  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  42.47 
 
 
378 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  43.16 
 
 
378 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  43.16 
 
 
378 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  42.2 
 
 
378 aa  276  5e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  41.94 
 
 
378 aa  275  7e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  43.16 
 
 
378 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  42.2 
 
 
378 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.2 
 
 
378 aa  275  8e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.2 
 
 
378 aa  275  8e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  42.2 
 
 
378 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  42.9 
 
 
378 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  42.9 
 
 
378 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  41.24 
 
 
384 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  41.94 
 
 
378 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.29 
 
 
378 aa  265  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1886  hypothetical protein  40.22 
 
 
416 aa  256  4e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.112919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0447  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40 
 
 
384 aa  255  7e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.389747  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03670  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  40.49 
 
 
410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  40.37 
 
 
374 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0751  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  39.79 
 
 
377 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61090  hypothetical protein  40.11 
 
 
374 aa  246  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4645  methyltransferase, putative  38.62 
 
 
374 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4279  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.81 
 
 
374 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4890  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.36 
 
 
374 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.52 
 
 
384 aa  239  5.999999999999999e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.79 
 
 
374 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4510  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.06 
 
 
374 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4648  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.06 
 
 
374 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0790  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.62 
 
 
374 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.960699  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5405  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.56 
 
 
391 aa  225  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07730  rRNA (guanine-N(2))-methyltransferase  37.57 
 
 
374 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2217  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.11 
 
 
369 aa  202  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.138938  normal  0.0695773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  34.11 
 
 
379 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2134  methyltransferase small  31.48 
 
 
418 aa  139  7e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000886529 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  29.95 
 
 
382 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.62 
 
 
394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11150  16S RNA G1207 methylase RsmC  29.86 
 
 
401 aa  122  8e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36300  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  32.48 
 
 
394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0107  methyltransferase small  29.66 
 
 
374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0464385  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3417  methyltransferase small  28.72 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173456  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23400  16S RNA G1207 methylase RsmC  28.17 
 
 
411 aa  103  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.498455  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.62 
 
 
341 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.52 
 
 
342 aa  102  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  27.88 
 
 
340 aa  99.8  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.35 
 
 
345 aa  99  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  29.18 
 
 
332 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.15 
 
 
331 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.52 
 
 
341 aa  96.3  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.91 
 
 
333 aa  96.7  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.45 
 
 
331 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.26 
 
 
345 aa  95.9  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.11 
 
 
320 aa  95.9  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.43 
 
 
360 aa  95.9  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.94 
 
 
343 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  32.16 
 
 
333 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2340  methyltransferase small  31.58 
 
 
333 aa  93.6  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.271786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.86 
 
 
342 aa  93.6  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  26.77 
 
 
341 aa  93.2  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  27.08 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  30.4 
 
 
332 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  32.4 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.09 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.09 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.69 
 
 
349 aa  92  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.89 
 
 
345 aa  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.84 
 
 
343 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.84 
 
 
343 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  27.84 
 
 
343 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.84 
 
 
343 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.84 
 
 
343 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.99 
 
 
342 aa  90.9  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>