More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0613 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  100 
 
 
348 aa  715    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  95.4 
 
 
347 aa  678    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  76.37 
 
 
347 aa  555  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  76.37 
 
 
347 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  76.37 
 
 
347 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  73.78 
 
 
347 aa  550  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  76.33 
 
 
342 aa  536  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  74.26 
 
 
344 aa  523  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  69.23 
 
 
342 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.64 
 
 
342 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.64 
 
 
342 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.34 
 
 
342 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.64 
 
 
342 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.34 
 
 
342 aa  498  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.51 
 
 
343 aa  495  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.51 
 
 
343 aa  495  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.51 
 
 
343 aa  495  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.22 
 
 
343 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  68.22 
 
 
343 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.22 
 
 
343 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  68.22 
 
 
343 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.22 
 
 
343 aa  494  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  67.93 
 
 
343 aa  488  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  42.94 
 
 
340 aa  275  6e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  42.86 
 
 
353 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  41.94 
 
 
341 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  42.52 
 
 
341 aa  262  8e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.25 
 
 
349 aa  219  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.46 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.95 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  38.48 
 
 
332 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.63 
 
 
345 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.18 
 
 
343 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.5 
 
 
341 aa  192  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.24 
 
 
332 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.8 
 
 
345 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  38.58 
 
 
332 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  32.66 
 
 
357 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.9 
 
 
342 aa  186  6e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.66 
 
 
332 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.52 
 
 
343 aa  184  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.51 
 
 
353 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.87 
 
 
331 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.22 
 
 
353 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.22 
 
 
353 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  34.9 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.76 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.76 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.76 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.76 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.5 
 
 
347 aa  180  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.68 
 
 
331 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.52 
 
 
360 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.53 
 
 
376 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.01 
 
 
333 aa  176  5e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.84 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.24 
 
 
353 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.96 
 
 
332 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  35.17 
 
 
332 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  35.4 
 
 
332 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.25 
 
 
320 aa  164  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.59 
 
 
365 aa  120  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.21 
 
 
356 aa  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  40.94 
 
 
305 aa  106  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.96 
 
 
407 aa  103  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  29.43 
 
 
385 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1165  methyltransferase small  34.48 
 
 
210 aa  97.1  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0025369  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1127  methyltransferase small  33.91 
 
 
210 aa  95.5  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000198355  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  35.8 
 
 
308 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.63 
 
 
383 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  37.29 
 
 
312 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  37.29 
 
 
308 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.46 
 
 
336 aa  93.2  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1273  methyltransferase small  34.13 
 
 
206 aa  92.4  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4061  methyltransferase small  28.95 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.656356  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4381  methyltransferase small  28.2 
 
 
338 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  27.41 
 
 
356 aa  90.9  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  32.16 
 
 
378 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.16 
 
 
378 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.16 
 
 
378 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  32.16 
 
 
378 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  32.16 
 
 
378 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  37.43 
 
 
382 aa  90.1  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  32.16 
 
 
378 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.75 
 
 
378 aa  89.7  6e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  27.65 
 
 
378 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  27.65 
 
 
378 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  31.58 
 
 
378 aa  89  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  31.58 
 
 
378 aa  89  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  27.65 
 
 
378 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.15 
 
 
394 aa  88.2  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1918  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  26.39 
 
 
361 aa  88.2  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183606  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.33 
 
 
384 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  27.65 
 
 
378 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  27.27 
 
 
378 aa  87.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  31.58 
 
 
378 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  27.82 
 
 
340 aa  87  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  31.23 
 
 
301 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.57 
 
 
384 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2106  methyltransferase small  34.76 
 
 
312 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0215921 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>