More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1918 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1918  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  100 
 
 
361 aa  751    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183606  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.27 
 
 
342 aa  106  8e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.34 
 
 
342 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.52 
 
 
342 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.52 
 
 
343 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.52 
 
 
342 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.52 
 
 
342 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.52 
 
 
342 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  26.88 
 
 
343 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.16 
 
 
342 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  25.74 
 
 
344 aa  95.5  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.05 
 
 
353 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.38 
 
 
376 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  25.19 
 
 
347 aa  94  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.68 
 
 
345 aa  93.2  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.8 
 
 
342 aa  93.2  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.7 
 
 
347 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.7 
 
 
347 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.7 
 
 
347 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.53 
 
 
365 aa  91.7  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.3 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.3 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.7 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.3 
 
 
347 aa  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.75 
 
 
341 aa  91.3  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.39 
 
 
348 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.77 
 
 
347 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.7 
 
 
343 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.41 
 
 
333 aa  87.4  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.96 
 
 
331 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  24.16 
 
 
341 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.44 
 
 
345 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.89 
 
 
357 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  25.09 
 
 
353 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  25.09 
 
 
341 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  26.25 
 
 
331 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  25.09 
 
 
353 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  25.37 
 
 
353 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  25.27 
 
 
353 aa  82  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.59 
 
 
349 aa  80.1  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  25.38 
 
 
353 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  25.8 
 
 
332 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  23.21 
 
 
347 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.73 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.55 
 
 
332 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2340  methyltransferase small  26.61 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.271786 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0545  methyltransferase small  26.88 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.55 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  26.02 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.21 
 
 
356 aa  77.4  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  25.46 
 
 
392 aa  77  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4381  methyltransferase small  24.73 
 
 
338 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.92 
 
 
345 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.48 
 
 
394 aa  75.1  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  24.91 
 
 
336 aa  74.7  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  26.07 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  30.18 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  25.48 
 
 
360 aa  73.9  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  28.36 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4061  methyltransferase small  25.68 
 
 
338 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.656356  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  29.73 
 
 
340 aa  72  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36300  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.53 
 
 
394 aa  70.9  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0107  methyltransferase small  31.1 
 
 
374 aa  70.5  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0464385  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1259  methyltransferase domain-containing protein  24 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  23.6 
 
 
407 aa  69.3  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  24.82 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1343  methyltransferase small  25.11 
 
 
364 aa  69.3  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.286758  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  23.81 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  22.18 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2236  methyltransferase small  26.38 
 
 
303 aa  67.4  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  24.01 
 
 
382 aa  66.6  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2217  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.31 
 
 
369 aa  66.6  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.138938  normal  0.0695773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0447  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  23.18 
 
 
384 aa  66.2  0.0000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.389747  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  24.21 
 
 
340 aa  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.49 
 
 
332 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  25.65 
 
 
333 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  25.18 
 
 
385 aa  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  25.15 
 
 
379 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.73 
 
 
332 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  25.5 
 
 
312 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1755  methyltransferase small  25.5 
 
 
344 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000164104  normal  0.0951984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.82 
 
 
383 aa  63.9  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  25.5 
 
 
308 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.7 
 
 
384 aa  63.2  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11150  16S RNA G1207 methylase RsmC  23.9 
 
 
401 aa  63.2  0.000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2178  methyltransferase small  27.08 
 
 
390 aa  62.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.599131  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  25.09 
 
 
374 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0178  ribosomal RNA small subunit methyltransferase  23.02 
 
 
338 aa  60.5  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  23.18 
 
 
401 aa  60.5  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30 
 
 
383 aa  60.5  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61090  hypothetical protein  25.09 
 
 
374 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>