213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0178 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0178  ribosomal RNA small subunit methyltransferase  100 
 
 
338 aa  692    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4061  methyltransferase small  64.5 
 
 
338 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.656356  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4381  methyltransferase small  63.61 
 
 
338 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3447  methyltransferase small  63.02 
 
 
338 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767036  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3936  methyltransferase small  47.34 
 
 
336 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  39.59 
 
 
340 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  40.72 
 
 
340 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1259  methyltransferase domain-containing protein  35.13 
 
 
332 aa  203  4e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  35.03 
 
 
336 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  37.07 
 
 
328 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  36.08 
 
 
333 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  34.19 
 
 
336 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2340  methyltransferase small  35.93 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.271786 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0545  methyltransferase small  36.05 
 
 
333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.05 
 
 
333 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1755  methyltransferase small  35.4 
 
 
344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000164104  normal  0.0951984 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  35.78 
 
 
356 aa  122  9e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  34.63 
 
 
308 aa  109  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  33.85 
 
 
312 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  34.31 
 
 
308 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.6 
 
 
341 aa  96.3  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.85 
 
 
353 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.72 
 
 
365 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.85 
 
 
353 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.58 
 
 
349 aa  93.6  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  32.8 
 
 
301 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  30 
 
 
353 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.91 
 
 
343 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.91 
 
 
343 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  29.67 
 
 
353 aa  89.7  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.31 
 
 
343 aa  89.4  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.32 
 
 
343 aa  87.4  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  31.27 
 
 
305 aa  87.8  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.33 
 
 
347 aa  87  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.33 
 
 
347 aa  87  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  33.33 
 
 
347 aa  87  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  26.3 
 
 
341 aa  86.7  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.13 
 
 
342 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.13 
 
 
342 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.13 
 
 
342 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.13 
 
 
342 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.13 
 
 
342 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.32 
 
 
343 aa  85.9  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.32 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.32 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.32 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.76 
 
 
347 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.76 
 
 
347 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  34.32 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.76 
 
 
347 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.32 
 
 
343 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.76 
 
 
347 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.89 
 
 
331 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  29.5 
 
 
332 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.39 
 
 
341 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.93 
 
 
345 aa  84  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.49 
 
 
345 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.75 
 
 
347 aa  83.6  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.16 
 
 
348 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.02 
 
 
347 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.76 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.75 
 
 
347 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.57 
 
 
342 aa  82  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.82 
 
 
357 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2236  methyltransferase small  35.33 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.26 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.73 
 
 
344 aa  80.5  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.8 
 
 
332 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.54 
 
 
402 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.4 
 
 
332 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  26.47 
 
 
340 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3380  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.44 
 
 
380 aa  79.3  0.00000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1343  methyltransferase small  36.05 
 
 
364 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.286758  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.93 
 
 
342 aa  79  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  29.94 
 
 
353 aa  79  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.93 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  27.64 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.93 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.93 
 
 
378 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.55 
 
 
345 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.86 
 
 
332 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  29.12 
 
 
332 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.64 
 
 
356 aa  77  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.14 
 
 
379 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.43 
 
 
383 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.09 
 
 
332 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.86 
 
 
332 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  26.56 
 
 
378 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  26.56 
 
 
378 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  26.56 
 
 
378 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.73 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.4 
 
 
331 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  33.67 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11150  16S RNA G1207 methylase RsmC  31.21 
 
 
401 aa  73.9  0.000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.71 
 
 
379 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.46 
 
 
377 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.34 
 
 
378 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.43 
 
 
382 aa  73.6  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  26.17 
 
 
378 aa  73.2  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  26.17 
 
 
378 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>