More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3978 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
343 aa  709    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  78.13 
 
 
345 aa  568  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  70.5 
 
 
341 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.29 
 
 
342 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  67.25 
 
 
347 aa  478  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  67.25 
 
 
347 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  67.25 
 
 
347 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  65.38 
 
 
353 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  67.25 
 
 
347 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  67.25 
 
 
347 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  65.09 
 
 
353 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  65.09 
 
 
353 aa  472  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  65.28 
 
 
353 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  64.22 
 
 
345 aa  461  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  59.77 
 
 
345 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  57.05 
 
 
320 aa  382  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.05 
 
 
349 aa  236  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  37.09 
 
 
341 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  35.93 
 
 
353 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  35.1 
 
 
340 aa  220  3e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  37.09 
 
 
341 aa  219  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.53 
 
 
342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.53 
 
 
342 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.53 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.53 
 
 
342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.53 
 
 
342 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  39.36 
 
 
347 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  208  8e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  208  9e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  208  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  37.65 
 
 
343 aa  208  9e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  208  9e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  207  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.55 
 
 
347 aa  206  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.55 
 
 
347 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.55 
 
 
347 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.35 
 
 
343 aa  206  5e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.5 
 
 
333 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  34.84 
 
 
357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.71 
 
 
332 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  39 
 
 
332 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.87 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.5 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.18 
 
 
348 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.79 
 
 
347 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.33 
 
 
332 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.32 
 
 
342 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  39.7 
 
 
360 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.33 
 
 
343 aa  186  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  34.1 
 
 
332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.42 
 
 
331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.78 
 
 
344 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.28 
 
 
376 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.63 
 
 
332 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.98 
 
 
353 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.63 
 
 
332 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.63 
 
 
331 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  35.36 
 
 
332 aa  175  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.7 
 
 
333 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  29.81 
 
 
312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  30.15 
 
 
308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  30.26 
 
 
305 aa  116  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  28.94 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  26.94 
 
 
301 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  27.76 
 
 
336 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  33.9 
 
 
309 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.18 
 
 
402 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.29 
 
 
336 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.54 
 
 
378 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.16 
 
 
365 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.18 
 
 
378 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.68 
 
 
384 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.83 
 
 
378 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.83 
 
 
378 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  29.74 
 
 
328 aa  99.8  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  30.34 
 
 
374 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61090  hypothetical protein  30.37 
 
 
374 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1259  methyltransferase domain-containing protein  28.1 
 
 
332 aa  98.2  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  34.25 
 
 
392 aa  97.4  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.4 
 
 
377 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  26.06 
 
 
379 aa  97.8  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.62 
 
 
356 aa  97.1  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.26 
 
 
392 aa  96.3  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.77 
 
 
333 aa  96.7  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.01 
 
 
407 aa  96.3  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.56 
 
 
374 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.94 
 
 
377 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  33.16 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.16 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  33.16 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  34.5 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.16 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  30.94 
 
 
377 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.82 
 
 
383 aa  94.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  34.91 
 
 
378 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  26.28 
 
 
382 aa  94  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  34.91 
 
 
378 aa  94  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  34.91 
 
 
378 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>