More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3628 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  100 
 
 
343 aa  708    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
343 aa  708    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  90.94 
 
 
342 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  99.42 
 
 
343 aa  704    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  90.94 
 
 
342 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  99.71 
 
 
343 aa  707    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  90.94 
 
 
342 aa  659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  98.83 
 
 
343 aa  697    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  90.64 
 
 
342 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  90.64 
 
 
342 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  99.42 
 
 
343 aa  704    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  100 
 
 
343 aa  708    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  99.42 
 
 
343 aa  704    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  98.83 
 
 
343 aa  703    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  86.26 
 
 
342 aa  627  1e-179  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  72.01 
 
 
344 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  71.93 
 
 
342 aa  510  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  70.12 
 
 
347 aa  510  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  69.82 
 
 
347 aa  498  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  69.82 
 
 
347 aa  498  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  69.82 
 
 
347 aa  498  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  68.22 
 
 
348 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  67.64 
 
 
347 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  42.23 
 
 
340 aa  276  5e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  40.71 
 
 
353 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  39.3 
 
 
341 aa  268  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  40.76 
 
 
341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.73 
 
 
349 aa  213  4.9999999999999996e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.65 
 
 
343 aa  208  9e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.39 
 
 
345 aa  204  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  41.54 
 
 
332 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.24 
 
 
333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  39.17 
 
 
331 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  40.41 
 
 
332 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.34 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.63 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.34 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.34 
 
 
347 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.13 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.95 
 
 
353 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.96 
 
 
341 aa  195  9e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.66 
 
 
353 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.66 
 
 
353 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  35.96 
 
 
353 aa  192  7e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.76 
 
 
347 aa  192  8e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  34.38 
 
 
357 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.82 
 
 
343 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.43 
 
 
332 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.58 
 
 
332 aa  190  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.23 
 
 
333 aa  189  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.21 
 
 
345 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.61 
 
 
342 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.39 
 
 
332 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  37.72 
 
 
332 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.28 
 
 
331 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.43 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.84 
 
 
345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.26 
 
 
320 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  36.11 
 
 
360 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.66 
 
 
376 aa  169  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.23 
 
 
353 aa  162  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.68 
 
 
356 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.92 
 
 
407 aa  112  8.000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.08 
 
 
384 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  32.67 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.35 
 
 
365 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  29.21 
 
 
385 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4061  methyltransferase small  32.21 
 
 
338 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.656356  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4381  methyltransferase small  31.46 
 
 
338 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.43 
 
 
383 aa  103  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.11 
 
 
394 aa  102  8e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  33.14 
 
 
378 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0852  hypothetical protein  33.72 
 
 
196 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  33.14 
 
 
378 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  33.53 
 
 
378 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  33.53 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.53 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  32.81 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.53 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  33.53 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  33.53 
 
 
378 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  33.14 
 
 
378 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  33.14 
 
 
378 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  33.14 
 
 
378 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  27.8 
 
 
378 aa  100  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1918  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  26.88 
 
 
361 aa  99.8  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183606  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.62 
 
 
384 aa  99.8  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.91 
 
 
379 aa  99.4  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1165  methyltransferase small  33.53 
 
 
210 aa  99.4  9e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0025369  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3936  methyltransferase small  28.68 
 
 
336 aa  99.4  9e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.1 
 
 
378 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  32.95 
 
 
378 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.99 
 
 
379 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1127  methyltransferase small  32.94 
 
 
210 aa  97.4  3e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000198355  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0952  hypothetical protein  31.72 
 
 
196 aa  97.1  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0886021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  28.77 
 
 
374 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.74 
 
 
382 aa  97.1  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0447  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.2 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.389747  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  28.38 
 
 
382 aa  94.7  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  27.33 
 
 
377 aa  94.4  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>