More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0789 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  99.1 
 
 
332 aa  662    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  100 
 
 
332 aa  668    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  96.08 
 
 
332 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  89.43 
 
 
331 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  73.8 
 
 
332 aa  517  1e-146  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  71.9 
 
 
332 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  71.3 
 
 
332 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  73.11 
 
 
331 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  70.69 
 
 
332 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  71.6 
 
 
333 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  72.51 
 
 
332 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  37.31 
 
 
341 aa  228  8e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  38.21 
 
 
353 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  37.01 
 
 
341 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.65 
 
 
349 aa  213  3.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.21 
 
 
343 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  36.01 
 
 
340 aa  203  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.03 
 
 
347 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.87 
 
 
347 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.87 
 
 
347 aa  200  3e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.87 
 
 
347 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.46 
 
 
342 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.46 
 
 
342 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.01 
 
 
342 aa  200  3.9999999999999996e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  38.46 
 
 
342 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.61 
 
 
342 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.61 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.81 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.13 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.13 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  37.13 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.95 
 
 
348 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  34.97 
 
 
357 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.83 
 
 
343 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.83 
 
 
343 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.83 
 
 
343 aa  195  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.09 
 
 
342 aa  192  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.54 
 
 
347 aa  192  5e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.53 
 
 
343 aa  192  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.53 
 
 
343 aa  192  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.33 
 
 
343 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.31 
 
 
343 aa  191  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.13 
 
 
345 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.41 
 
 
341 aa  186  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.42 
 
 
344 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  35.71 
 
 
360 aa  185  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.23 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.23 
 
 
353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.74 
 
 
347 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.65 
 
 
347 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  33.63 
 
 
353 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.65 
 
 
347 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.65 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.65 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.87 
 
 
345 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.82 
 
 
345 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.12 
 
 
376 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  33.63 
 
 
353 aa  175  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.39 
 
 
320 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.87 
 
 
333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.88 
 
 
353 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.43 
 
 
365 aa  121  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.51 
 
 
356 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1622  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.89 
 
 
407 aa  106  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.254122 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3436  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.79 
 
 
412 aa  103  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  36.42 
 
 
382 aa  102  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.41 
 
 
383 aa  99.8  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  32.79 
 
 
305 aa  96.7  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  29.2 
 
 
308 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.29 
 
 
384 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  27.84 
 
 
308 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  27.84 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.92 
 
 
419 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  32.13 
 
 
301 aa  94  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.79 
 
 
378 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  27.8 
 
 
340 aa  92.8  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.79 
 
 
378 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.45 
 
 
336 aa  92.8  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23400  16S RNA G1207 methylase RsmC  37.5 
 
 
411 aa  92.4  9e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.498455  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.3 
 
 
401 aa  92.4  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.65 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  27.96 
 
 
340 aa  90.5  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.67 
 
 
424 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.07 
 
 
382 aa  89.4  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2134  methyltransferase small  36.21 
 
 
418 aa  89.4  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000886529 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.59 
 
 
377 aa  89  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.65 
 
 
402 aa  89.4  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.24 
 
 
378 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  25.38 
 
 
378 aa  89  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1259  methyltransferase domain-containing protein  26.88 
 
 
332 aa  89  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  32.49 
 
 
309 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  28.65 
 
 
378 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.12 
 
 
383 aa  87.4  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.24 
 
 
392 aa  87.4  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1343  methyltransferase small  32.8 
 
 
364 aa  87  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.286758  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  24.62 
 
 
378 aa  87  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  25 
 
 
378 aa  86.7  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.09 
 
 
377 aa  86.7  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  24.62 
 
 
378 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  30.36 
 
 
378 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>