More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0828 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  100 
 
 
353 aa  725    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  93.2 
 
 
353 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  92.63 
 
 
353 aa  676    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  93.2 
 
 
353 aa  679    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  86.99 
 
 
347 aa  616  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  86.71 
 
 
347 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  86.42 
 
 
347 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  86.42 
 
 
347 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  86.42 
 
 
347 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.17 
 
 
342 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  68.84 
 
 
341 aa  474  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.28 
 
 
343 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.38 
 
 
345 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  66.47 
 
 
345 aa  457  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  65.38 
 
 
345 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  62.34 
 
 
320 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  35.5 
 
 
341 aa  225  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  36.39 
 
 
341 aa  224  3e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.39 
 
 
349 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  35.31 
 
 
353 aa  220  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  33.92 
 
 
340 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.36 
 
 
342 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.83 
 
 
347 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.36 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.36 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.36 
 
 
342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.36 
 
 
342 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.07 
 
 
342 aa  193  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.96 
 
 
343 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.96 
 
 
343 aa  192  8e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  33.33 
 
 
357 aa  192  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.96 
 
 
343 aa  192  8e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  35.96 
 
 
343 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.96 
 
 
343 aa  192  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.67 
 
 
343 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.67 
 
 
343 aa  189  8e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.67 
 
 
343 aa  189  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.07 
 
 
342 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.67 
 
 
343 aa  187  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.95 
 
 
360 aa  186  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  34.12 
 
 
332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.48 
 
 
347 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.46 
 
 
333 aa  182  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.79 
 
 
343 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.9 
 
 
348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.14 
 
 
332 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
347 aa  177  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
347 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  35.19 
 
 
347 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  34.21 
 
 
344 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  33.53 
 
 
332 aa  176  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0789  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.63 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  36.96 
 
 
332 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.59 
 
 
331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0100  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.29 
 
 
353 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.50019  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.63 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.46 
 
 
376 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.77 
 
 
331 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  35.59 
 
 
332 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.64 
 
 
332 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.7 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  31.47 
 
 
312 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  32.94 
 
 
308 aa  122  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  32.38 
 
 
308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.63 
 
 
333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  29.29 
 
 
336 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  38.18 
 
 
309 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  30.55 
 
 
336 aa  103  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.54 
 
 
384 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  26.2 
 
 
301 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  29.92 
 
 
328 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1886  hypothetical protein  28.83 
 
 
416 aa  99.8  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.112919  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  26.02 
 
 
382 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.65 
 
 
365 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.13 
 
 
378 aa  98.6  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  36.53 
 
 
378 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.53 
 
 
378 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  36.53 
 
 
378 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  36.53 
 
 
378 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  36.53 
 
 
378 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.53 
 
 
378 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.3 
 
 
402 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  35.93 
 
 
378 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  35.93 
 
 
378 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.27 
 
 
419 aa  96.3  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.85 
 
 
356 aa  96.3  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  36.9 
 
 
378 aa  95.9  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  32.95 
 
 
392 aa  95.1  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  26.09 
 
 
379 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.3 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.61 
 
 
378 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5405  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.01 
 
 
391 aa  94.4  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.3 
 
 
378 aa  94  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  27.68 
 
 
377 aa  94  4e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.55 
 
 
378 aa  93.6  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.1 
 
 
383 aa  93.6  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  27.34 
 
 
384 aa  93.2  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  38.27 
 
 
356 aa  93.2  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  27.3 
 
 
377 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.29 
 
 
379 aa  92.4  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>