228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3447 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3447  methyltransferase small  100 
 
 		 338 aa  679    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4061  methyltransferase small  71.89 
 
 		 338 aa  495  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.656356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4381  methyltransferase small  71.6 
 
 		 338 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0178  ribosomal RNA small subunit methyltransferase  63.02 
 
 		 338 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3936  methyltransferase small  47.92 
 
 		 336 aa  295  7e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  41.76 
 
 		 340 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  41.76 
 
 		 340 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1259  methyltransferase domain-containing protein  35.63 
 
 		 332 aa  212  7.999999999999999e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  39.01 
 
 		 328 aa  180  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1755  methyltransferase small  38.78 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000164104  normal  0.0951984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  39.93 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  34.88 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  37.09 
 
 		 336 aa  155  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2340  methyltransferase small  38.98 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.271786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  38.98 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0545  methyltransferase small  37.59 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  36.84 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  36.55 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  36.14 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  35.2 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  35.32 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  32.86 
 
 		 305 aa  115  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  27.24 
 
 		 341 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.57 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.58 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.58 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.69 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.69 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  30.69 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.93 
 
 		 342 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.58 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.58 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.71 
 
 		 343 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  37.71 
 
 		 343 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.93 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.71 
 
 		 347 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.93 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.71 
 
 		 347 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.93 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.68 
 
 		 341 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.04 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.63 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  26.87 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.06 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.06 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.71 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  32.06 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.94 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2574  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C (16S rRNA m2G120 methyltransferase)  27.57 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.661981  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.84 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.84 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2236  methyltransferase small  36.4 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.09 
 
 		 347 aa  100  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.27 
 
 		 342 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.27 
 
 		 347 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.73 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.46 
 
 		 353 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  31.05 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  31.25 
 
 		 342 aa  95.9  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  30.08 
 
 		 353 aa  95.5  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.28 
 
 		 345 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.92 
 
 		 344 aa  95.1  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.97 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.33 
 
 		 345 aa  92.4  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  36.14 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  33.47 
 
 		 309 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2106  methyltransferase small  30.6 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0215921 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.54 
 
 		 402 aa  90.5  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.24 
 
 		 360 aa  89.7  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.14 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.81 
 
 		 348 aa  89.4  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4494  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.57 
 
 		 357 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187247  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.36 
 
 		 356 aa  89  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0151  hypothetical protein  27.94 
 
 		 340 aa  88.6  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.27 
 
 		 332 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1343  methyltransferase small  35.84 
 
 		 364 aa  87.4  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.286758  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.95 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.95 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.33 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.95 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.95 
 
 		 365 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.78 
 
 		 331 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.95 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.14 
 
 		 383 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  30.77 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.76 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  31.36 
 
 		 377 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.48 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0562  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.11 
 
 		 395 aa  82.4  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1094  methyltransferase family protein  30.11 
 
 		 395 aa  82.4  0.000000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0500  methyltransferase family protein  30.11 
 
 		 395 aa  82.4  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  27.57 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.36 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.97 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0803  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.72 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.72 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23400  16S RNA G1207 methylase RsmC  33.03 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.498455  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  27.69 
 
 		 382 aa  80.1  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.86 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.26 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>