174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1755 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1755  methyltransferase small  100 
 
 		 344 aa  677    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000164104  normal  0.0951984 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2533  methyltransferase small  47.72 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0545  methyltransferase small  51.43 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2340  methyltransferase small  51.12 
 
 		 333 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.271786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  50.8 
 
 		 333 aa  258  8e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3884  methyltransferase small  43.48 
 
 		 336 aa  246  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.834207  normal  0.0723958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0671  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  44.44 
 
 		 333 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4381  methyltransferase small  39.1 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4061  methyltransferase small  38.46 
 
 		 338 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.656356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3936  methyltransferase small  34.69 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.813557  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3447  methyltransferase small  38.78 
 
 		 338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767036  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2170  methyltransferase  34.49 
 
 		 340 aa  149  9e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0788823  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0178  ribosomal RNA small subunit methyltransferase  35.4 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03082  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  38.24 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0742  methyltransferase small  32.92 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  37.98 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  37.6 
 
 		 312 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  38.04 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2703  methyltransferase small  37.5 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2236  methyltransferase small  40.44 
 
 		 303 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.644066 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1259  methyltransferase domain-containing protein  28.04 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3453  methyltransferase small  37.94 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.424927  normal  0.835639 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.36 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2106  methyltransferase small  36.7 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0215921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1081  methyltransferase small  38.18 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.19 
 
 		 341 aa  109  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.14 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0450  methyltransferase small  35.87 
 
 		 356 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.28 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3323  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.35 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3445  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.74 
 
 		 342 aa  99.8  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.31 
 
 		 342 aa  99.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.72 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.28 
 
 		 343 aa  98.6  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.83 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.3 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.98 
 
 		 342 aa  96.3  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  26.32 
 
 		 353 aa  95.9  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.21 
 
 		 343 aa  95.1  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.31 
 
 		 343 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.98 
 
 		 342 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.98 
 
 		 342 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.98 
 
 		 342 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.89 
 
 		 347 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.89 
 
 		 347 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.89 
 
 		 347 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.89 
 
 		 347 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.24 
 
 		 343 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.24 
 
 		 343 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.21 
 
 		 348 aa  93.2  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  27.24 
 
 		 343 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.98 
 
 		 342 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  26.32 
 
 		 353 aa  92.8  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0830  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  25.9 
 
 		 347 aa  92.8  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.31 
 
 		 343 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.31 
 
 		 343 aa  92.4  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.94 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.51 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.87 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.34 
 
 		 345 aa  92  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  25.94 
 
 		 353 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.87 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1343  methyltransferase small  32.79 
 
 		 364 aa  91.3  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.286758  normal  0.110934 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.14 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.59 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5273  hypothetical protein  29.78 
 
 		 332 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.93 
 
 		 365 aa  90.5  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3507  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.6 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0840  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.6 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3636  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.6 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1942  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.28 
 
 		 376 aa  90.1  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  25.56 
 
 		 353 aa  89.7  7e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4712  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  30.08 
 
 		 332 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0865771  normal  0.154962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.59 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  31.94 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  31.94 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  31.94 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  31.94 
 
 		 378 aa  87  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  29.76 
 
 		 332 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  31.94 
 
 		 378 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.7 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61220  hypothetical protein  27.37 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.527408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.49 
 
 		 356 aa  83.2  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  30.21 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.21 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  30.21 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.21 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  30.21 
 
 		 378 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  30.3 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  30.21 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.72 
 
 		 383 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  30.3 
 
 		 378 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4427  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.69 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  29.69 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4645  methyltransferase, putative  33.9 
 
 		 374 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4279  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.26 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  28.32 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2134  methyltransferase small  29.87 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000886529 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0761  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.6 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  29.26 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>