More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4645 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4645  methyltransferase, putative  100 
 
 
374 aa  757    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4279  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  90.64 
 
 
374 aa  687    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4890  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  81.82 
 
 
374 aa  617  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0790  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  76.2 
 
 
374 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.960699  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  75.67 
 
 
374 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4648  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  75.13 
 
 
374 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4510  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  74.87 
 
 
374 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0751  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  73.8 
 
 
377 aa  552  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07730  rRNA (guanine-N(2))-methyltransferase  74.19 
 
 
374 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  72.46 
 
 
374 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61090  hypothetical protein  72.61 
 
 
374 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  45.03 
 
 
384 aa  302  5.000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5405  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  46.44 
 
 
391 aa  291  1e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.24 
 
 
382 aa  275  9e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3380  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  45.41 
 
 
380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  41.73 
 
 
384 aa  272  8.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  40.49 
 
 
382 aa  270  4e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.01 
 
 
379 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  41.14 
 
 
385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.55 
 
 
379 aa  265  8e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  41.08 
 
 
378 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  41.08 
 
 
378 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3506  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.12 
 
 
385 aa  260  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  41.08 
 
 
378 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  41.08 
 
 
378 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  41.08 
 
 
378 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.85 
 
 
379 aa  258  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.8 
 
 
383 aa  256  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  37.02 
 
 
392 aa  253  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  40.32 
 
 
378 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1886  hypothetical protein  38.12 
 
 
416 aa  252  6e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.112919  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  40.32 
 
 
378 aa  252  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  40.05 
 
 
378 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.05 
 
 
378 aa  251  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.05 
 
 
378 aa  251  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  40.05 
 
 
378 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.38 
 
 
378 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3436  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.27 
 
 
412 aa  249  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03670  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  38.18 
 
 
410 aa  249  5e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  39.79 
 
 
378 aa  249  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  39.79 
 
 
378 aa  249  6e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0447  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.98 
 
 
384 aa  247  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.389747  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  39.95 
 
 
378 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.11 
 
 
402 aa  246  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.62 
 
 
377 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.27 
 
 
424 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.57 
 
 
378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.25 
 
 
377 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.01 
 
 
419 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.3 
 
 
378 aa  244  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.3 
 
 
378 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  39.89 
 
 
377 aa  242  6e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0562  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.61 
 
 
395 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0500  methyltransferase family protein  40.61 
 
 
395 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1094  methyltransferase family protein  40.61 
 
 
395 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.04 
 
 
378 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  38.62 
 
 
377 aa  241  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.7 
 
 
392 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.16 
 
 
383 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.08 
 
 
401 aa  227  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2217  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.12 
 
 
369 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.138938  normal  0.0695773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  40.44 
 
 
379 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2134  methyltransferase small  33.78 
 
 
418 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000886529 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  35.07 
 
 
382 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2646  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.97 
 
 
440 aa  129  7.000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0107  methyltransferase small  35.15 
 
 
374 aa  126  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0464385  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3417  methyltransferase small  33.24 
 
 
378 aa  125  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173456  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36300  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  35.31 
 
 
394 aa  125  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  34.96 
 
 
394 aa  125  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.97 
 
 
342 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23400  16S RNA G1207 methylase RsmC  30.57 
 
 
411 aa  106  6e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.498455  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  33.09 
 
 
320 aa  98.6  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  94.4  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.82 
 
 
341 aa  94.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  28.49 
 
 
343 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  31.18 
 
 
345 aa  92.8  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.49 
 
 
343 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11150  16S RNA G1207 methylase RsmC  32.71 
 
 
401 aa  91.3  3e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.57 
 
 
365 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  27.88 
 
 
341 aa  88.2  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.78 
 
 
343 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.47 
 
 
349 aa  86.7  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  27.88 
 
 
341 aa  86.3  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.93 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.79 
 
 
342 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.71 
 
 
342 aa  84  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.71 
 
 
342 aa  83.2  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.71 
 
 
342 aa  83.2  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.95 
 
 
345 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.79 
 
 
342 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.42 
 
 
347 aa  82.4  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.79 
 
 
342 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0613  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.41 
 
 
348 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  36.16 
 
 
312 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>