More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2178 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2178  methyltransferase small  100 
 
 
390 aa  806    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.599131  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0582  methyltransferase small domain protein  31.55 
 
 
232 aa  92.8  1e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.719477 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0188  methyltransferase small  29.45 
 
 
196 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2935  methyltransferase small  31.25 
 
 
196 aa  83.2  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2010  methyltransferase small  29.17 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  36.05 
 
 
382 aa  80.9  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.35 
 
 
379 aa  80.1  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3378  methyltransferase small  29.79 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.480246  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2217  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.48 
 
 
369 aa  76.3  0.0000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.138938  normal  0.0695773 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002588  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  30 
 
 
341 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.328376  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03421  16S rRNA m2G 1207 methyltransferase  29.38 
 
 
341 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1368  methyltransferase small  37.38 
 
 
186 aa  73.6  0.000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.89 
 
 
394 aa  73.9  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  25.95 
 
 
378 aa  73.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  26.59 
 
 
378 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  26.59 
 
 
378 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  26.59 
 
 
378 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  26.59 
 
 
378 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4648  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.92 
 
 
374 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.99 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.99 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  30.99 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.85 
 
 
343 aa  72  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25 
 
 
378 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.99 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0101  ybxB protein  32.26 
 
 
199 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0743942  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4510  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.3 
 
 
374 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0101  methyltransferase  32.26 
 
 
199 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00115806  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.27 
 
 
384 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3417  methyltransferase small  36.3 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173456  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4918  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.28 
 
 
343 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00252655  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  30.99 
 
 
343 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  24.44 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.44 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  24.44 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2367  methyltransferase small  26.26 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36300  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  36.69 
 
 
394 aa  70.5  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.44 
 
 
378 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.78 
 
 
383 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3665  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  25.96 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  26.01 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  26.01 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2134  methyltransferase small  29.37 
 
 
418 aa  70.1  0.00000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000886529 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0132  ybxB protein  31.72 
 
 
199 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000351533  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0101  ybxB protein  31.72 
 
 
199 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.021137  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.56 
 
 
374 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4970  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.05 
 
 
342 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000752166  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0112  ybxB protein  31.18 
 
 
199 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.23527e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0097  methyltransferase  31.18 
 
 
199 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00285716  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0095  methyltransferase  31.18 
 
 
199 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00417025  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0553  methyltransferase small  31.65 
 
 
196 aa  69.3  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0322683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4809  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.05 
 
 
342 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000202401  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  26.42 
 
 
378 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4964  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.05 
 
 
342 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00179249  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2437  methyltransferase small  27.23 
 
 
203 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293998  normal  0.78271 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0649  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  27.23 
 
 
347 aa  68.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4877  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.05 
 
 
342 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000245426  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4912  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.05 
 
 
342 aa  69.3  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00321391  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0790  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.19 
 
 
374 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.960699  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4279  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.26 
 
 
374 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.88 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3702  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.97 
 
 
356 aa  68.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.87 
 
 
343 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  24.28 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1094  methyltransferase family protein  27.17 
 
 
395 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  28.14 
 
 
392 aa  67.8  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.87 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0562  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.17 
 
 
395 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4645  methyltransferase, putative  28.72 
 
 
374 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25 
 
 
341 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00279  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  28.24 
 
 
360 aa  67.8  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0500  methyltransferase family protein  27.17 
 
 
395 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  29.87 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0530  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  28.57 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0427566  normal  0.0234717 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  24.17 
 
 
378 aa  67.4  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2276  methyltransferase small  27.73 
 
 
312 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0384491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4890  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  30.59 
 
 
374 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1273  methyltransferase small  27.85 
 
 
206 aa  67  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1165  methyltransferase small  27.56 
 
 
210 aa  67  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0025369  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0163  16S RNA G1207 methylase  29.86 
 
 
218 aa  67  0.0000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0098  methyltransferase small  26.94 
 
 
202 aa  66.6  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11150  16S RNA G1207 methylase RsmC  28.43 
 
 
401 aa  66.6  0.0000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1146  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  24.12 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1532  16S RNA G1207 methylase RsmC  26.46 
 
 
227 aa  66.6  0.0000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0496562  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0986  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  23.66 
 
 
332 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2234  methyltransferase small  27.73 
 
 
308 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183279 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1943  methyltransferase small  30.19 
 
 
223 aa  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.062516  normal  0.0835458 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.61 
 
 
378 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41240  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  24.37 
 
 
333 aa  65.1  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0354958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.21 
 
 
383 aa  65.1  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.61 
 
 
378 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  28.98 
 
 
377 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.61 
 
 
378 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2883  methyltransferase small  28.91 
 
 
195 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.61 
 
 
378 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0058  methyltransferase small  27.17 
 
 
186 aa  65.1  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.505565 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1127  methyltransferase small  26.92 
 
 
210 aa  65.1  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000198355  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  25.42 
 
 
343 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2551  methyltransferase small  27.73 
 
 
308 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.100873 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.61 
 
 
402 aa  64.3  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>