77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3733 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3733  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 488 aa  972    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3981  outer membrane efflux protein  79.75 
 
 		 493 aa  748    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4026  outer membrane efflux protein  70.25 
 
 		 486 aa  639    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60770  putative outer membrane protein  64.38 
 
 		 493 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5232  hypothetical protein  63.54 
 
 		 493 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0894  outer membrane efflux protein  60.7 
 
 		 487 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5198  outer efflux pump domain-containing protein  46.86 
 
 		 522 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0545953 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4093  outer membrane efflux protein  45.4 
 
 		 514 aa  345  7e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.66979 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2471  outer membrane efflux protein  41.54 
 
 		 481 aa  336  7e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0749  outer membrane efflux protein  36.65 
 
 		 490 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2992  hypothetical protein  30.7 
 
 		 542 aa  168  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2852  hypothetical protein  30.7 
 
 		 542 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0040  type I secretion outer membrane protein  26.56 
 
 		 507 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.99479  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2010  outer membrane efflux family protein  26.46 
 
 		 509 aa  156  6e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2027  outer membrane efflux protein  26.98 
 
 		 495 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000179084 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2200  outer membrane efflux protein  26.12 
 
 		 495 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1600  outer membrane efflux protein  26.27 
 
 		 499 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1650  Outer membrane efflux protein  26.06 
 
 		 499 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0374464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1126  outer membrane efflux protein  24.09 
 
 		 514 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2020  outer membrane efflux protein  25.11 
 
 		 491 aa  105  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0936605  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0025  outer membrane efflux protein  27 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.245374  normal  0.08145 
 
 
-
 
NC_003296  RS03082  hypothetical protein  29.41 
 
 		 492 aa  101  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.208658  normal  0.984334 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2562  outer membrane efflux protein  29.86 
 
 		 500 aa  99.4  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0520371  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1609  outer membrane efflux protein  23.24 
 
 		 499 aa  94  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.184768  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0373  outer membrane efflux protein  25.55 
 
 		 662 aa  80.1  0.00000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0533  outer membrane efflux protein  22 
 
 		 762 aa  77.4  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2126  hypothetical protein  23.79 
 
 		 508 aa  76.6  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6409  outer membrane efflux protein  26.15 
 
 		 537 aa  74.3  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2551  outer membrane efflux protein  22.55 
 
 		 647 aa  72.4  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1445  outer membrane efflux protein  23.31 
 
 		 690 aa  70.9  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.757577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3737  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 437 aa  70.5  0.00000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.315415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0615  Outer membrane protein-like  20.76 
 
 		 577 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00243369  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1190  Outer membrane efflux protein  22.27 
 
 		 510 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0651  outer membrane efflux protein  25.38 
 
 		 524 aa  68.2  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.703393  normal  0.0209094 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  22.63 
 
 		 467 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0066  outer membrane efflux protein  26.13 
 
 		 436 aa  64.7  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1941  outer membrane efflux protein  23.74 
 
 		 432 aa  61.6  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  22.15 
 
 		 470 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  22.57 
 
 		 496 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  23.2 
 
 		 463 aa  57  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2941  outer membrane efflux protein  23.21 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0140963  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.06 
 
 		 455 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3429  outer membrane efflux protein  22.59 
 
 		 442 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2201  outer membrane efflux protein  23.66 
 
 		 587 aa  55.8  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.854853  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  21.12 
 
 		 483 aa  55.1  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1733  outer membrane efflux protein  25.05 
 
 		 559 aa  54.7  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1293  outer membrane efflux protein  25.94 
 
 		 442 aa  53.9  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.803504 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0384  outer membrane efflux protein  22.58 
 
 		 444 aa  52.4  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.895564  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0283  outer membrane efflux protein  24.29 
 
 		 439 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367785 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05030  outer membrane efflux protein  21.09 
 
 		 471 aa  50.1  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.691581  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1351  outer membrane efflux protein  27.69 
 
 		 528 aa  48.5  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0380363 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0662  outer membrane efflux protein  21.38 
 
 		 483 aa  48.9  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0836  outer membrane efflux protein  19.35 
 
 		 446 aa  48.5  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4294  outer membrane efflux protein  26.16 
 
 		 448 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0190007  normal  0.396606 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  24.39 
 
 		 462 aa  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6770  outer membrane efflux protein  24.44 
 
 		 488 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0863  outer membrane efflux protein  21.6 
 
 		 476 aa  47.8  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0409869  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1671  outer membrane efflux protein  22.22 
 
 		 461 aa  47.8  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1967  outer membrane efflux protein  23.58 
 
 		 443 aa  47.8  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000399706  normal  0.35271 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0516  outer membrane efflux protein  24.52 
 
 		 413 aa  47.8  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.97 
 
 		 459 aa  47  0.0008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1203  outer membrane efflux protein  26.12 
 
 		 497 aa  47  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  21.48 
 
 		 463 aa  47  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01590  putative outer membrane protein TolC  21.53 
 
 		 451 aa  46.6  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.29548  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  23.9 
 
 		 456 aa  46.2  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4284  outer membrane efflux protein  22.68 
 
 		 447 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1761  hypothetical protein  22.64 
 
 		 576 aa  46.6  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  23.9 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2662  outer membrane efflux protein  27.1 
 
 		 445 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0979  outer membrane efflux protein  21.67 
 
 		 375 aa  45.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.2318 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2819  outer membrane efflux protein  23.38 
 
 		 438 aa  45.1  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  23.42 
 
 		 435 aa  45.1  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  23.75 
 
 		 435 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  21.23 
 
 		 453 aa  44.3  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0388  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  21.23 
 
 		 492 aa  43.9  0.006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0872  Outer membrane protein-like  22.44 
 
 		 517 aa  43.5  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.36 
 
 		 451 aa  43.5  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>