148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2200 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2027  outer membrane efflux protein  91.52 
 
 		 495 aa  897    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000179084 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2200  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 495 aa  996    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1126  outer membrane efflux protein  57.37 
 
 		 514 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1650  Outer membrane efflux protein  54.58 
 
 		 499 aa  502  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0374464  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1609  outer membrane efflux protein  52.92 
 
 		 499 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.184768  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1600  outer membrane efflux protein  47.45 
 
 		 499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2020  outer membrane efflux protein  43.55 
 
 		 491 aa  388  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0936605  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0533  outer membrane efflux protein  33.13 
 
 		 762 aa  271  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1190  Outer membrane efflux protein  34.85 
 
 		 510 aa  261  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2126  hypothetical protein  33.87 
 
 		 508 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2562  outer membrane efflux protein  27.02 
 
 		 500 aa  162  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0520371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0749  outer membrane efflux protein  26.69 
 
 		 490 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5198  outer efflux pump domain-containing protein  26.26 
 
 		 522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0545953 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3733  outer membrane efflux protein  25.91 
 
 		 488 aa  124  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1351  outer membrane efflux protein  27.16 
 
 		 528 aa  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0380363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60770  putative outer membrane protein  25.42 
 
 		 493 aa  123  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0025  outer membrane efflux protein  26.09 
 
 		 486 aa  120  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.245374  normal  0.08145 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1445  outer membrane efflux protein  24.61 
 
 		 690 aa  120  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.757577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5232  hypothetical protein  25.42 
 
 		 493 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3981  outer membrane efflux protein  25.8 
 
 		 493 aa  117  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0615  Outer membrane protein-like  23.55 
 
 		 577 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00243369  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1875  outer membrane efflux protein  28.14 
 
 		 506 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0651  outer membrane efflux protein  28.14 
 
 		 524 aa  110  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.703393  normal  0.0209094 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1733  outer membrane efflux protein  28.3 
 
 		 559 aa  107  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2201  outer membrane efflux protein  24.08 
 
 		 587 aa  103  9e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.854853  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0894  outer membrane efflux protein  25.05 
 
 		 487 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2551  outer membrane efflux protein  27.23 
 
 		 647 aa  97.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4093  outer membrane efflux protein  26.57 
 
 		 514 aa  95.1  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.66979 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6409  outer membrane efflux protein  26.24 
 
 		 537 aa  95.1  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0373  outer membrane efflux protein  24.6 
 
 		 662 aa  90.5  5e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4026  outer membrane efflux protein  22.81 
 
 		 486 aa  90.9  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2471  outer membrane efflux protein  24.64 
 
 		 481 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1761  hypothetical protein  25.07 
 
 		 576 aa  84  0.000000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2221  outer membrane efflux protein  24.69 
 
 		 590 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000846233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3801  outer membrane efflux protein  26.36 
 
 		 449 aa  79  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233057 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  25.71 
 
 		 635 aa  76.3  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  24.54 
 
 		 441 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  22.77 
 
 		 463 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  24.03 
 
 		 483 aa  70.5  0.00000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  23.49 
 
 		 462 aa  70.1  0.00000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2010  outer membrane efflux family protein  22.01 
 
 		 509 aa  69.7  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  22.81 
 
 		 491 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01115  putative outer membrane transport/efflux protein  25.48 
 
 		 443 aa  68.6  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  24.43 
 
 		 453 aa  68.2  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0040  type I secretion outer membrane protein  21.63 
 
 		 507 aa  67.4  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.99479  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  23.65 
 
 		 443 aa  67  0.0000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  21.68 
 
 		 463 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0066  outer membrane efflux protein  24.4 
 
 		 436 aa  66.6  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  23.13 
 
 		 467 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1482  outer membrane efflux protein  21.36 
 
 		 471 aa  65.1  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.387043 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2992  hypothetical protein  21.75 
 
 		 542 aa  64.7  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2852  hypothetical protein  21.75 
 
 		 542 aa  64.7  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4505  outer membrane efflux protein  22.91 
 
 		 972 aa  63.5  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.300614  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2805  outer membrane efflux protein  22.14 
 
 		 685 aa  63.2  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.977623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  28.17 
 
 		 1496 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  24.57 
 
 		 470 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 433 aa  61.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1015  Outer membrane efflux protein  23.97 
 
 		 731 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0127212 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3626  outer membrane efflux protein  25.15 
 
 		 627 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0887926  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  27.27 
 
 		 489 aa  60.1  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  27.27 
 
 		 489 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  27.27 
 
 		 489 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  27.27 
 
 		 489 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  27.27 
 
 		 489 aa  59.3  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0762  outer membrane efflux protein  24.41 
 
 		 446 aa  57.8  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0090  hypothetical protein  25.82 
 
 		 731 aa  57.8  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0986  outer membrane efflux protein, putative  25.11 
 
 		 484 aa  57.4  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0360  RND family outer membrane efflux protein  24.92 
 
 		 574 aa  57.4  0.0000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2365  outer membrane efflux protein  21.7 
 
 		 482 aa  57  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.316372 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1170  putative outer membrane protein TolC  23.93 
 
 		 419 aa  57  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.109696  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2330  RND family outer membrane efflux protein  23.94 
 
 		 594 aa  56.6  0.0000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3625  outer membrane efflux protein  24.26 
 
 		 525 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.262442  normal  0.276667 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0057  outer membrane protein, putative  26.51 
 
 		 470 aa  55.5  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  22.93 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1475  outer membrane efflux protein  23.15 
 
 		 449 aa  55.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.236212  normal  0.298581 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  23.87 
 
 		 419 aa  55.1  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1353  outer membrane efflux protein  19.35 
 
 		 451 aa  55.1  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.678572  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  23.08 
 
 		 427 aa  55.1  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0096  outer membrane efflux protein  22.2 
 
 		 441 aa  54.3  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1671  outer membrane efflux protein  21.72 
 
 		 461 aa  54.3  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1293  outer membrane efflux protein  23.26 
 
 		 442 aa  53.9  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.803504 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1266  outer membrane efflux protein  22.41 
 
 		 444 aa  53.5  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1970  integral outer membrane protein TolC, efflux pump component  23.26 
 
 		 487 aa  53.9  0.000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000188791  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0605  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 470 aa  52.8  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3096  outer membrane efflux protein  22.96 
 
 		 497 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  22.78 
 
 		 496 aa  52.8  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0828  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  26.02 
 
 		 428 aa  52.4  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.885444  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0094  outer membrane efflux protein, putative  21.9 
 
 		 501 aa  52.4  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0379352 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  24.4 
 
 		 431 aa  51.6  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6215  outer membrane efflux protein  25.84 
 
 		 493 aa  51.2  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.811282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  24.7 
 
 		 431 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.87 
 
 		 509 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1403  Outer membrane protein-like protein  23.19 
 
 		 506 aa  51.2  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.438484 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3398  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  25.18 
 
 		 434 aa  50.8  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.53 
 
 		 449 aa  50.4  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4162  outer membrane efflux protein  19.67 
 
 		 443 aa  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000533026  normal  0.288124 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4447  outer membrane efflux protein  22.99 
 
 		 459 aa  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2001  LipD protein, putative  23.82 
 
 		 445 aa  49.7  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.538795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2517  Outer membrane efflux protein  25.74 
 
 		 455 aa  49.7  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0940003  normal  0.677218 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0814  outer membrane efflux protein  26.96 
 
 		 460 aa  49.7  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>