61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03082 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03082  hypothetical protein  100 
 
 		 492 aa  956    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.208658  normal  0.984334 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3202  hypothetical protein  76.47 
 
 		 223 aa  333  5e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3203  hypothetical protein  71.79 
 
 		 119 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.389625  normal  0.205247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5198  outer efflux pump domain-containing protein  27.29 
 
 		 522 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0545953 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0749  outer membrane efflux protein  27.79 
 
 		 490 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2992  hypothetical protein  27.24 
 
 		 542 aa  111  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2852  hypothetical protein  27.24 
 
 		 542 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2471  outer membrane efflux protein  29.07 
 
 		 481 aa  104  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4093  outer membrane efflux protein  28.34 
 
 		 514 aa  98.6  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.66979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0894  outer membrane efflux protein  28.66 
 
 		 487 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3981  outer membrane efflux protein  26.29 
 
 		 493 aa  95.5  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3733  outer membrane efflux protein  27.49 
 
 		 488 aa  91.7  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2551  outer membrane efflux protein  29.7 
 
 		 647 aa  84  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60770  putative outer membrane protein  25.42 
 
 		 493 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5232  hypothetical protein  25.7 
 
 		 493 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0040  type I secretion outer membrane protein  22.43 
 
 		 507 aa  75.5  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.99479  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2201  outer membrane efflux protein  25.48 
 
 		 587 aa  75.5  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.854853  normal  0.28263 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2010  outer membrane efflux family protein  22.13 
 
 		 509 aa  73.9  0.000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2562  outer membrane efflux protein  24.69 
 
 		 500 aa  69.3  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0520371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0025  outer membrane efflux protein  27.35 
 
 		 486 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.245374  normal  0.08145 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1875  outer membrane efflux protein  27.25 
 
 		 506 aa  63.9  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0651  outer membrane efflux protein  26.32 
 
 		 524 aa  62.8  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.703393  normal  0.0209094 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1609  outer membrane efflux protein  22.15 
 
 		 499 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.184768  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1650  Outer membrane efflux protein  24.1 
 
 		 499 aa  57.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0374464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1600  outer membrane efflux protein  23.27 
 
 		 499 aa  57.4  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2126  hypothetical protein  25.59 
 
 		 508 aa  53.9  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4026  outer membrane efflux protein  26.05 
 
 		 486 aa  53.5  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1162  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 515 aa  53.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000199135  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1190  Outer membrane efflux protein  22.43 
 
 		 510 aa  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2020  outer membrane efflux protein  21.59 
 
 		 491 aa  52  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0936605  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2441  outer membrane efflux protein  25.57 
 
 		 453 aa  51.2  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  21.97 
 
 		 463 aa  50.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  26.43 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  23.03 
 
 		 467 aa  49.3  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3627  outer membrane efflux protein  25.56 
 
 		 461 aa  49.3  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.433273  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1126  outer membrane efflux protein  23.32 
 
 		 514 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0615  Outer membrane protein-like  22.31 
 
 		 577 aa  48.9  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00243369  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1641  Outer membrane efflux protein  26.05 
 
 		 479 aa  48.5  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0258  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.57 
 
 		 539 aa  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.17913  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3645  outer membrane efflux protein  27.36 
 
 		 514 aa  48.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7078  putative outer membrane protein  23.73 
 
 		 491 aa  48.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0823525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5578  outer membrane efflux protein  27.36 
 
 		 514 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0232692  hitchhiker  0.00628536 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4722  outer membrane efflux protein  27.36 
 
 		 514 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0674524  decreased coverage  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0872  Outer membrane protein-like  23.4 
 
 		 517 aa  47.4  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1351  outer membrane efflux protein  25.87 
 
 		 528 aa  47.4  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0380363 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1690  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.63 
 
 		 478 aa  47.4  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.522729 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  23.8 
 
 		 463 aa  47  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4142  outer membrane efflux protein  27 
 
 		 497 aa  47  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.958426  hitchhiker  0.00365026 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.22 
 
 		 459 aa  46.6  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4144  alkaline protease secretion protein AprF  25.87 
 
 		 477 aa  46.6  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0485622  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1453  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.35 
 
 		 480 aa  46.6  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  25 
 
 		 463 aa  46.6  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2200  outer membrane efflux protein  23.65 
 
 		 495 aa  45.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0533  outer membrane efflux protein  24.07 
 
 		 762 aa  45.4  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0943  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.91 
 
 		 481 aa  45.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1054  outer membrane efflux protein  26.47 
 
 		 514 aa  44.3  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000452487  normal  0.217723 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5078  outer membrane efflux protein  34.95 
 
 		 635 aa  44.3  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.851054  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.86 
 
 		 451 aa  44.3  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.06 
 
 		 446 aa  43.9  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3625  outer membrane efflux protein  27.46 
 
 		 525 aa  43.5  0.009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.262442  normal  0.276667 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3973  outer membrane efflux protein  30.06 
 
 		 513 aa  43.5  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0704049 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>