97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_60560 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_60560  hypothetical protein  100 
 
 		 108 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.654182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5217  hypothetical protein  98.15 
 
 		 108 aa  207  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40860  hypothetical protein  65.38 
 
 		 108 aa  124  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.802206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1198  TraR/DksA family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 103 aa  97.1  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.114031  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  38.83 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.33 
 
 		 114 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1803  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0488445  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1266  dnaK suppressor protein  42.05 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  42.39 
 
 		 105 aa  60.5  0.000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0382  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 104 aa  57  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1800  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 105 aa  55.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.315491 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0916  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 106 aa  55.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.354828  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0166  DnaK suppressor protein  34.04 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1477  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 		 216 aa  53.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 147 aa  52  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 109 aa  52.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.44 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 121 aa  50.4  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1430  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 		 228 aa  48.9  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  37.8 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  40.28 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.29 
 
 		 210 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  36 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.98 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.581103  normal  0.0182397 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.09 
 
 		 117 aa  47.8  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  43.08 
 
 		 124 aa  47.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 121 aa  45.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1511  hypothetical protein  56.1 
 
 		 122 aa  46.2  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2062  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000865725 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.68 
 
 		 218 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 121 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.65 
 
 		 130 aa  44.7  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  36.11 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 		 213 aa  44.3  0.0006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.65 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.99 
 
 		 118 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  34.69 
 
 		 117 aa  43.9  0.0008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.05 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 257 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1926  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 		 113 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.24 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  37.08 
 
 		 135 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  38.89 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4563  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.24 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.258431 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22690  DnaK suppressor protein  58.33 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.11 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1184  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 123 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000422996  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  26.83 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  52.94 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2707  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.11 
 
 		 133 aa  42.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1154  DnaK suppressor protein-like protein  60 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0136974  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 258 aa  42.4  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 114 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.78 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.88 
 
 		 150 aa  42.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_002936  DET1373  dnaK suppressor protein, putative  60 
 
 		 123 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00000567795  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  52.94 
 
 		 127 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.05 
 
 		 222 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  46.34 
 
 		 236 aa  42  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 118 aa  41.2  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 122 aa  41.6  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 212 aa  41.6  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  33.33 
 
 		 118 aa  41.2  0.004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0188  hypothetical protein  47.06 
 
 		 61 aa  41.2  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.53 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 527 aa  41.2  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  30.23 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 130 aa  40.8  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 		 136 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.35 
 
 		 144 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.35 
 
 		 144 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.94 
 
 		 150 aa  40.8  0.007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 122 aa  40.4  0.008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  41.18 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 256 aa  40  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  41.18 
 
 		 120 aa  40  0.009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 118 aa  40  0.01  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 120 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>