More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0293 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 120 aa  242  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  78.33 
 
 		 120 aa  207  4e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  76.67 
 
 		 120 aa  197  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.67 
 
 		 132 aa  196  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  64.96 
 
 		 120 aa  165  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  60.83 
 
 		 120 aa  149  8.999999999999999e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 120 aa  134  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 118 aa  134  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.39 
 
 		 118 aa  130  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.38 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.38 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  55.65 
 
 		 118 aa  127  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 120 aa  120  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 139 aa  118  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  51.28 
 
 		 118 aa  118  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.54 
 
 		 140 aa  111  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  49.54 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 140 aa  108  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  46.22 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 144 aa  103  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  45 
 
 		 158 aa  103  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  45.22 
 
 		 154 aa  102  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  45.45 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  44.17 
 
 		 133 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 		 141 aa  102  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 145 aa  102  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 		 151 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.22 
 
 		 154 aa  102  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  43.33 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.22 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  44.17 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.33 
 
 		 139 aa  101  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 140 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 143 aa  101  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  43.33 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 155 aa  100  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.33 
 
 		 142 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 138 aa  100  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 		 139 aa  100  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 149 aa  100  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  42.5 
 
 		 139 aa  100  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 139 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 		 139 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 146 aa  99.4  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  44.64 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  43.33 
 
 		 138 aa  99.4  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 148 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 450 aa  99.4  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.22 
 
 		 134 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 		 139 aa  99  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  98.2  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 429 aa  98.6  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  43.33 
 
 		 157 aa  98.2  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 138 aa  98.2  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  41.67 
 
 		 152 aa  97.8  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 138 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  43.12 
 
 		 143 aa  97.1  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 142 aa  97.1  7e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 138 aa  97.1  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 229 aa  97.1  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 147 aa  97.1  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.17 
 
 		 223 aa  96.7  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 281 aa  96.3  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  41.28 
 
 		 148 aa  96.3  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 139 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 257 aa  96.3  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 278 aa  96.3  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 165 aa  95.9  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 147 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  41.18 
 
 		 145 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.33 
 
 		 223 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 162 aa  95.5  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  41.28 
 
 		 148 aa  95.5  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  41.67 
 
 		 151 aa  95.9  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 146 aa  95.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.33 
 
 		 223 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  43.4 
 
 		 148 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 		 151 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  41.67 
 
 		 151 aa  95.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  39.17 
 
 		 228 aa  95.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 139 aa  94.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>