193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1290 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 
130 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  50 
 
 
130 aa  140  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
130 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.06 
 
 
130 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
131 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  32.38 
 
 
132 aa  63.5  0.0000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  39.73 
 
 
127 aa  62  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  29.31 
 
 
120 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  28.83 
 
 
120 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.03 
 
 
114 aa  60.5  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  27.93 
 
 
120 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.69 
 
 
121 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.43 
 
 
218 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.46 
 
 
216 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.58 
 
 
122 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
212 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.16 
 
 
120 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
151 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.36 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.07 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.02 
 
 
176 aa  56.2  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  32.67 
 
 
117 aa  57  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1754  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.27 
 
 
118 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000650821  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.75 
 
 
114 aa  55.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
118 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
120 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.15 
 
 
228 aa  54.3  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
121 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6415  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38 
 
 
110 aa  53.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.143253  normal  0.0110238 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.93 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.82 
 
 
114 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  28.7 
 
 
118 aa  52.8  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.86 
 
 
121 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.14 
 
 
120 aa  52  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.86 
 
 
275 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.95 
 
 
132 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.98 
 
 
130 aa  51.2  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0141  DNAK suppressor protein  38.46 
 
 
259 aa  50.8  0.000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.130476 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  34.25 
 
 
283 aa  50.8  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  31.62 
 
 
118 aa  50.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.13 
 
 
205 aa  50.4  0.000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.65 
 
 
108 aa  50.4  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.57 
 
 
115 aa  49.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.04 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.04 
 
 
130 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.47 
 
 
147 aa  50.1  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.04 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.04 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  26.61 
 
 
122 aa  49.7  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  47.73 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.11 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.21 
 
 
120 aa  49.3  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.48 
 
 
212 aa  49.3  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2010  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  31.25 
 
 
135 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
251 aa  48.9  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  42 
 
 
124 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.43 
 
 
234 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  29 
 
 
258 aa  48.5  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.08 
 
 
118 aa  48.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.65 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35 
 
 
120 aa  48.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  38.89 
 
 
119 aa  47.8  0.00005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  36.21 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.53 
 
 
210 aa  47.8  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.74 
 
 
118 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  36.21 
 
 
134 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 
126 aa  47.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  35 
 
 
144 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  31.31 
 
 
154 aa  47.4  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.36 
 
 
256 aa  47.4  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.31 
 
 
154 aa  47.4  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
122 aa  47.4  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
134 aa  47  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  33.77 
 
 
125 aa  47  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  30.51 
 
 
119 aa  47  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.25 
 
 
121 aa  47  0.00009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.25 
 
 
136 aa  46.6  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  37.7 
 
 
128 aa  46.6  0.0001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  30.25 
 
 
153 aa  46.6  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
527 aa  46.2  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.71 
 
 
139 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  31.68 
 
 
152 aa  46.6  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.28 
 
 
118 aa  46.2  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  34.25 
 
 
132 aa  46.6  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
115 aa  45.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.88 
 
 
150 aa  46.2  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  41.51 
 
 
137 aa  46.2  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.29 
 
 
140 aa  45.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.72 
 
 
120 aa  45.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.35 
 
 
297 aa  46.2  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3641  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.23 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  36.96 
 
 
110 aa  46.2  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.21 
 
 
106 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.19 
 
 
155 aa  45.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  32.88 
 
 
139 aa  45.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4116  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.23 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5995  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.1 
 
 
142 aa  45.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0693  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.73 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2444  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 
102 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.689651  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>