More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1727 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  100 
 
 
130 aa  259  8e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  70.77 
 
 
130 aa  186  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
130 aa  140  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.42 
 
 
130 aa  135  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.42 
 
 
130 aa  135  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.84 
 
 
114 aa  67.8  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
131 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  32.1 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  30.86 
 
 
120 aa  65.1  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.13 
 
 
218 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.54 
 
 
216 aa  63.9  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  29.91 
 
 
132 aa  63.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  30.86 
 
 
120 aa  62.8  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.47 
 
 
147 aa  61.6  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.86 
 
 
176 aa  61.2  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.58 
 
 
118 aa  60.8  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.74 
 
 
114 aa  60.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.7 
 
 
275 aa  60.5  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  26.89 
 
 
119 aa  60.1  0.000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  27.93 
 
 
125 aa  59.7  0.00000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.14 
 
 
234 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  26.4 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  39.19 
 
 
283 aa  59.3  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.26 
 
 
212 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.53 
 
 
121 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  35.09 
 
 
153 aa  57  0.00000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.83 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.19 
 
 
144 aa  56.2  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.93 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.83 
 
 
527 aa  55.8  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.17 
 
 
120 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0812  transcriptional regulator  47.92 
 
 
105 aa  55.1  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  32.94 
 
 
127 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.63 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.67 
 
 
120 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  30.69 
 
 
118 aa  54.7  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2439  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
115 aa  54.3  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.734932  normal  0.693819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  55.56 
 
 
110 aa  54.3  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.09 
 
 
118 aa  54.3  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2444  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 
102 aa  53.5  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.689651  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.1 
 
 
150 aa  53.5  0.0000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  29.84 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.57 
 
 
132 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.47 
 
 
251 aa  53.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  33.09 
 
 
236 aa  53.5  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.02 
 
 
121 aa  52.8  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  52.17 
 
 
132 aa  53.5  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  23.15 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.06 
 
 
231 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  33.33 
 
 
152 aa  53.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  42.62 
 
 
149 aa  52.8  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.73 
 
 
138 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  33.03 
 
 
143 aa  52  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  33.03 
 
 
143 aa  52  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  30.1 
 
 
141 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.54 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.79 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1171  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
116 aa  52  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
144 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.07 
 
 
115 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  38.54 
 
 
139 aa  52.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.43 
 
 
112 aa  51.6  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.73 
 
 
139 aa  51.6  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.91 
 
 
151 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  34 
 
 
258 aa  51.6  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
257 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.05 
 
 
114 aa  51.6  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.72 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
132 aa  51.2  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 
121 aa  51.6  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.66 
 
 
159 aa  51.2  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.38 
 
 
155 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  43.33 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  31.19 
 
 
143 aa  50.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
139 aa  50.4  0.000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  30.43 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.21 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 
118 aa  50.4  0.000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.35 
 
 
118 aa  50.4  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.35 
 
 
118 aa  50.4  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  25.58 
 
 
120 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.58 
 
 
120 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.58 
 
 
120 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.03 
 
 
110 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3066  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.86 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.446011 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  48.94 
 
 
122 aa  49.7  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  32.65 
 
 
146 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
141 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.62 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  26.8 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.03 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.458636  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.3 
 
 
122 aa  50.1  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  30.7 
 
 
145 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35 
 
 
103 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>