More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3660 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
149 aa  301  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
151 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.93 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.3 
 
 
118 aa  76.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
118 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  40.96 
 
 
118 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
118 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
118 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
118 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.28 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.28 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.28 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
120 aa  67.4  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  33.83 
 
 
143 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  34.17 
 
 
143 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.29 
 
 
118 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.77 
 
 
140 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.8 
 
 
132 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.87 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.13 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 
120 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  33.93 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.24 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  43.21 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.21 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
139 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  34.78 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.21 
 
 
120 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
139 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.42 
 
 
120 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  41.43 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.77 
 
 
120 aa  62.8  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
147 aa  62  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.24 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
120 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  39.47 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58 
 
 
115 aa  61.2  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.58 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.78 
 
 
229 aa  61.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  31.09 
 
 
136 aa  61.2  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  42.86 
 
 
148 aa  60.5  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  42.86 
 
 
148 aa  60.8  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 
149 aa  60.5  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.33 
 
 
144 aa  60.5  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.77 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  34.78 
 
 
228 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  39.19 
 
 
118 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  42.86 
 
 
148 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
257 aa  60.1  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  33.9 
 
 
151 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.89 
 
 
210 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.59 
 
 
176 aa  59.3  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.83 
 
 
162 aa  59.3  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.47 
 
 
124 aa  58.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.03 
 
 
144 aa  58.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  34.75 
 
 
151 aa  59.3  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37 
 
 
231 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.19 
 
 
165 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  40 
 
 
152 aa  58.2  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2340  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.04 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2037  regulator RpoS  33.04 
 
 
146 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.555499  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.04 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
212 aa  58.2  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  44.12 
 
 
122 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 
205 aa  57.8  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
150 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  40 
 
 
145 aa  57.4  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
223 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  38.57 
 
 
148 aa  57.4  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
182 aa  57  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.04 
 
 
223 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.07 
 
 
162 aa  57  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.57 
 
 
147 aa  57  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.68 
 
 
143 aa  57  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  38.57 
 
 
151 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.08 
 
 
527 aa  57  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>