More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0126 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  458  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  91.7 
 
 		 228 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  91.24 
 
 		 138 aa  259  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  73.45 
 
 		 223 aa  259  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  73.45 
 
 		 223 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 138 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 138 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 138 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 138 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 138 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  90.51 
 
 		 138 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  87.77 
 
 		 139 aa  256  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  87.77 
 
 		 139 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  87.05 
 
 		 139 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  86.33 
 
 		 139 aa  254  8e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  89.78 
 
 		 138 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  82.71 
 
 		 162 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  81.95 
 
 		 162 aa  232  3e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 429 aa  229  3e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  58 
 
 		 450 aa  224  7e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  64.44 
 
 		 207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.54 
 
 		 278 aa  221  7e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  76.12 
 
 		 223 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.12 
 
 		 281 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.12 
 
 		 165 aa  218  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 257 aa  217  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.64 
 
 		 164 aa  211  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.91 
 
 		 162 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  76.19 
 
 		 126 aa  202  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.93 
 
 		 139 aa  181  9.000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 139 aa  159  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.73 
 
 		 149 aa  149  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.42 
 
 		 139 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.23 
 
 		 139 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.28 
 
 		 141 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 138 aa  133  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.61 
 
 		 139 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.89 
 
 		 138 aa  131  7.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  52.76 
 
 		 146 aa  131  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 146 aa  131  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.6 
 
 		 133 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 142 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.64 
 
 		 134 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  52.89 
 
 		 136 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 138 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.42 
 
 		 137 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  52.89 
 
 		 138 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.72 
 
 		 142 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  50.42 
 
 		 151 aa  124  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.89 
 
 		 140 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  52.07 
 
 		 133 aa  123  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  50.42 
 
 		 151 aa  123  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  123  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.04 
 
 		 138 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  50.42 
 
 		 151 aa  123  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 142 aa  123  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 138 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  47.54 
 
 		 145 aa  122  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  49.6 
 
 		 162 aa  122  6e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  122  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 313 aa  122  6e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 143 aa  121  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  121  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  121  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 158 aa  121  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  49.58 
 
 		 151 aa  121  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 158 aa  121  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  50.81 
 
 		 157 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  48.39 
 
 		 138 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.72 
 
 		 144 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  48.39 
 
 		 138 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.76 
 
 		 150 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  47.54 
 
 		 148 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 146 aa  119  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  48.74 
 
 		 182 aa  119  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  49.15 
 
 		 151 aa  119  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  49.15 
 
 		 151 aa  119  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  47.54 
 
 		 148 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>