283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3438 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 429 aa  841    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.04 
 
 		 257 aa  323  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  79 
 
 		 207 aa  313  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.91 
 
 		 450 aa  302  7.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  70.73 
 
 		 278 aa  295  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  73.27 
 
 		 223 aa  294  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.77 
 
 		 281 aa  292  7e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.8 
 
 		 165 aa  279  9e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.71 
 
 		 164 aa  266  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 162 aa  249  7e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  70.44 
 
 		 228 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  67.46 
 
 		 229 aa  229  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  74.63 
 
 		 162 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.88 
 
 		 162 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  73.88 
 
 		 223 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  73.88 
 
 		 223 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  80.16 
 
 		 126 aa  203  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 138 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 138 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 138 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 138 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 138 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.87 
 
 		 138 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  76.12 
 
 		 139 aa  196  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  76.12 
 
 		 139 aa  196  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  75.37 
 
 		 139 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  75.37 
 
 		 138 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 139 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 149 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 139 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.31 
 
 		 139 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  50.74 
 
 		 146 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 146 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.42 
 
 		 151 aa  132  9e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 145 aa  132  9e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.1 
 
 		 150 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 142 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  47.93 
 
 		 151 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 144 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 138 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.39 
 
 		 405 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  47.93 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  47.11 
 
 		 151 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 139 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 147 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 158 aa  127  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.79 
 
 		 139 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 313 aa  127  6e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 313 aa  126  7e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.79 
 
 		 139 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 		 141 aa  126  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.4 
 
 		 152 aa  126  9e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 144 aa  125  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  48.39 
 
 		 162 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 143 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  45.45 
 
 		 151 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  45.16 
 
 		 145 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  45.45 
 
 		 151 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  45.45 
 
 		 151 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  45.45 
 
 		 151 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  45.45 
 
 		 151 aa  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  46.28 
 
 		 151 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  48.33 
 
 		 152 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 155 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 159 aa  124  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 147 aa  123  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 153 aa  124  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 142 aa  123  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  44.63 
 
 		 151 aa  123  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 146 aa  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  45.08 
 
 		 143 aa  123  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  46.22 
 
 		 143 aa  123  8e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  46.22 
 
 		 143 aa  122  9e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.72 
 
 		 147 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 158 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  48.12 
 
 		 157 aa  122  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 149 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  45.9 
 
 		 147 aa  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  48.74 
 
 		 136 aa  121  3e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.68 
 
 		 140 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 158 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  48.76 
 
 		 133 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>