More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1884 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  100 
 
 		 157 aa  317  5e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  84.03 
 
 		 158 aa  250  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 159 aa  248  3e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.14 
 
 		 140 aa  218  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.1 
 
 		 158 aa  218  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  72.41 
 
 		 158 aa  216  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.41 
 
 		 158 aa  216  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.37 
 
 		 139 aa  209  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.37 
 
 		 139 aa  209  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  75.37 
 
 		 139 aa  209  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  75.19 
 
 		 142 aa  207  6e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  71.22 
 
 		 146 aa  204  4e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.34 
 
 		 138 aa  204  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  74.81 
 
 		 136 aa  201  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 139 aa  201  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  75.57 
 
 		 138 aa  201  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  71.53 
 
 		 139 aa  201  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 139 aa  201  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  74.05 
 
 		 138 aa  200  6e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  71.64 
 
 		 138 aa  199  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  74.81 
 
 		 133 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.39 
 
 		 158 aa  199  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  74.81 
 
 		 142 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  73.28 
 
 		 138 aa  197  5e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.62 
 
 		 140 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.28 
 
 		 138 aa  195  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  73.85 
 
 		 138 aa  194  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.85 
 
 		 138 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  70.15 
 
 		 139 aa  192  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  69.4 
 
 		 155 aa  190  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  69.4 
 
 		 138 aa  190  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.65 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  68.66 
 
 		 137 aa  188  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.14 
 
 		 153 aa  186  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  69.47 
 
 		 139 aa  185  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  67.94 
 
 		 139 aa  183  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  68.7 
 
 		 146 aa  183  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 152 aa  179  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 138 aa  178  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 139 aa  177  7e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  65.89 
 
 		 134 aa  168  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  63.64 
 
 		 141 aa  167  7e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  60.45 
 
 		 138 aa  166  1e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  52.99 
 
 		 162 aa  142  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 155 aa  137  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.49 
 
 		 405 aa  134  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 313 aa  130  6e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.75 
 
 		 313 aa  130  6.999999999999999e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 223 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 223 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 145 aa  127  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.36 
 
 		 151 aa  128  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.61 
 
 		 207 aa  126  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  50.81 
 
 		 126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 140 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.55 
 
 		 162 aa  125  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  48.85 
 
 		 143 aa  124  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 162 aa  124  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 138 aa  123  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 165 aa  123  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 450 aa  123  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 162 aa  122  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 429 aa  122  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 144 aa  122  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.1 
 
 		 154 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  48 
 
 		 143 aa  122  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  48 
 
 		 143 aa  121  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  47.1 
 
 		 154 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  52.42 
 
 		 138 aa  122  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.41 
 
 		 223 aa  121  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 139 aa  121  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 229 aa  121  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.4 
 
 		 143 aa  121  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 139 aa  120  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 139 aa  121  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 281 aa  120  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.6 
 
 		 141 aa  120  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 257 aa  120  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.42 
 
 		 150 aa  120  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 138 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.81 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  49.19 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  50 
 
 		 228 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  46.4 
 
 		 152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  46.62 
 
 		 145 aa  117  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>