More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2533 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
139 aa  283  5.999999999999999e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.93 
 
 
229 aa  181  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  65.19 
 
 
228 aa  180  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  65.41 
 
 
162 aa  177  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  62.04 
 
 
139 aa  176  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.66 
 
 
162 aa  175  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  59.12 
 
 
223 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  59.12 
 
 
223 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.5 
 
 
138 aa  170  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  61.76 
 
 
138 aa  169  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.85 
 
 
139 aa  169  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.29 
 
 
138 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.29 
 
 
138 aa  168  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.29 
 
 
138 aa  168  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.29 
 
 
138 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.29 
 
 
138 aa  168  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.29 
 
 
138 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.39 
 
 
139 aa  166  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  57.66 
 
 
139 aa  165  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.85 
 
 
162 aa  159  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  58.52 
 
 
223 aa  158  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.52 
 
 
281 aa  156  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.78 
 
 
165 aa  156  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  60.8 
 
 
126 aa  154  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.2 
 
 
207 aa  154  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.81 
 
 
257 aa  153  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.73 
 
 
450 aa  153  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.9 
 
 
139 aa  152  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.49 
 
 
278 aa  150  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.74 
 
 
164 aa  149  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.31 
 
 
429 aa  141  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.85 
 
 
133 aa  138  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.15 
 
 
149 aa  137  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.16 
 
 
143 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.39 
 
 
134 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.62 
 
 
139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.94 
 
 
139 aa  124  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  53.78 
 
 
146 aa  123  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.72 
 
 
134 aa  123  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 
139 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.9 
 
 
141 aa  122  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.62 
 
 
137 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.56 
 
 
140 aa  120  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  50.39 
 
 
134 aa  120  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  49.6 
 
 
154 aa  119  9e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.6 
 
 
154 aa  119  9e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  51.26 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.94 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.41 
 
 
139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.1 
 
 
138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  51.26 
 
 
138 aa  118  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.41 
 
 
139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.1 
 
 
158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.24 
 
 
138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.5 
 
 
138 aa  118  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.26 
 
 
138 aa  117  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.58 
 
 
158 aa  116  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.41 
 
 
146 aa  116  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.26 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.78 
 
 
142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  50.42 
 
 
136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.26 
 
 
139 aa  114  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
159 aa  115  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  51.26 
 
 
138 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  51.26 
 
 
157 aa  114  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.26 
 
 
142 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.58 
 
 
142 aa  113  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.42 
 
 
140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.42 
 
 
138 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.42 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  42.68 
 
 
162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  50.42 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.42 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.85 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.54 
 
 
139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  47.29 
 
 
134 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  49.58 
 
 
133 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  44.19 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.44 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  44.19 
 
 
134 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.1 
 
 
138 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  46.51 
 
 
134 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.67 
 
 
150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.85 
 
 
139 aa  107  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.65 
 
 
134 aa  107  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
151 aa  106  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.84 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  43.84 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.84 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.51 
 
 
154 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.84 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.84 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>