More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3327 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
134 aa  277  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  90.3 
 
 
134 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  89.55 
 
 
134 aa  250  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  82.09 
 
 
134 aa  235  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.09 
 
 
134 aa  235  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.09 
 
 
154 aa  234  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  81.2 
 
 
134 aa  228  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.33 
 
 
140 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.04 
 
 
143 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  42.42 
 
 
134 aa  124  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  43.94 
 
 
134 aa  124  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 
134 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  43.94 
 
 
134 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.65 
 
 
139 aa  107  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.85 
 
 
141 aa  105  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.97 
 
 
133 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 
139 aa  103  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.91 
 
 
162 aa  100  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.91 
 
 
162 aa  100  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
229 aa  99  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  38.1 
 
 
139 aa  98.2  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.88 
 
 
223 aa  98.2  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.39 
 
 
281 aa  98.2  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
450 aa  98.2  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  37.6 
 
 
228 aa  96.3  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
139 aa  96.3  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.36 
 
 
257 aa  96.7  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
223 aa  95.9  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
223 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.12 
 
 
207 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.88 
 
 
164 aa  95.9  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.8 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.8 
 
 
165 aa  94.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.55 
 
 
149 aa  94.4  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.58 
 
 
162 aa  93.6  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
278 aa  91.7  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.37 
 
 
429 aa  91.7  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  40.65 
 
 
146 aa  86.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.02 
 
 
139 aa  85.5  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.61 
 
 
132 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  37.6 
 
 
126 aa  85.1  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  35.82 
 
 
137 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.8 
 
 
146 aa  84.3  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.92 
 
 
138 aa  83.6  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.4 
 
 
139 aa  83.6  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.6 
 
 
139 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.43 
 
 
138 aa  82  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.21 
 
 
159 aa  80.9  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
158 aa  80.1  0.000000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
137 aa  79.7  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.61 
 
 
142 aa  80.1  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.51 
 
 
139 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  36.51 
 
 
139 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.09 
 
 
147 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
138 aa  79.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.96 
 
 
138 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  34.68 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.13 
 
 
138 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  34.15 
 
 
133 aa  77  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  77  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  37.21 
 
 
157 aa  77  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
139 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.65 
 
 
139 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.21 
 
 
147 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.36 
 
 
142 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.11 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.88 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  34.15 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  34.21 
 
 
136 aa  75.5  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  34.21 
 
 
145 aa  75.5  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
120 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.15 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>