More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2595 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 134 aa  268  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 143 aa  228  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  71.43 
 
 		 134 aa  194  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  75 
 
 		 134 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  73.88 
 
 		 134 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.48 
 
 		 140 aa  189  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 139 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  42.42 
 
 		 134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  41.67 
 
 		 134 aa  123  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 134 aa  122  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  43.18 
 
 		 134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 139 aa  118  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.38 
 
 		 133 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.51 
 
 		 162 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 134 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 141 aa  115  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.09 
 
 		 223 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.09 
 
 		 223 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 229 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  42.11 
 
 		 139 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  42.86 
 
 		 228 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  110  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 139 aa  110  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  42.86 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 162 aa  110  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.11 
 
 		 139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.79 
 
 		 207 aa  108  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 165 aa  107  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 281 aa  106  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 		 223 aa  106  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 164 aa  104  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  45.31 
 
 		 126 aa  105  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 257 aa  104  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 429 aa  102  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  45.9 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 450 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.9 
 
 		 139 aa  102  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.08 
 
 		 139 aa  100  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.72 
 
 		 139 aa  100  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.6 
 
 		 139 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 139 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 278 aa  98.6  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 138 aa  96.7  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  45.16 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.16 
 
 		 139 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.16 
 
 		 139 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  44.35 
 
 		 157 aa  95.5  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 138 aa  95.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 146 aa  95.1  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 152 aa  94.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 138 aa  95.1  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 139 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 158 aa  94  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  42.74 
 
 		 138 aa  93.6  9e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.08 
 
 		 137 aa  92.8  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.74 
 
 		 139 aa  92.8  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 159 aa  92.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.16 
 
 		 154 aa  91.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  40.16 
 
 		 154 aa  91.7  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 158 aa  90.1  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.17 
 
 		 134 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  41.94 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45 
 
 		 141 aa  88.6  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  41.13 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  40.8 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.8 
 
 		 142 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 142 aa  88.6  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 140 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  38.76 
 
 		 136 aa  88.2  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 144 aa  87.4  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 153 aa  87.4  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  41.6 
 
 		 143 aa  87  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  40.17 
 
 		 118 aa  86.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 138 aa  85.1  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 143 aa  85.1  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 155 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.16 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.7 
 
 		 151 aa  84.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>