More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2220 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  100 
 
 
134 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
154 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  99.25 
 
 
134 aa  274  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  94.03 
 
 
134 aa  260  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  83.58 
 
 
134 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  82.84 
 
 
134 aa  236  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.09 
 
 
134 aa  235  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.33 
 
 
140 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  43.28 
 
 
134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  44.7 
 
 
134 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 
134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  44.7 
 
 
134 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.6 
 
 
143 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.35 
 
 
141 aa  104  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.41 
 
 
139 aa  104  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 
139 aa  103  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.06 
 
 
138 aa  102  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  40 
 
 
138 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.65 
 
 
162 aa  100  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.65 
 
 
162 aa  99.8  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
138 aa  99.4  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
139 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.65 
 
 
133 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
139 aa  98.2  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.4 
 
 
139 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.2 
 
 
229 aa  97.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  37.3 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.48 
 
 
164 aa  95.5  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  38.4 
 
 
228 aa  95.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
223 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
450 aa  94.4  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.1 
 
 
223 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.68 
 
 
223 aa  93.6  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  39.55 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
281 aa  92.8  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.31 
 
 
429 aa  92.8  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.35 
 
 
149 aa  92.8  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.34 
 
 
165 aa  90.5  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
257 aa  90.1  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
278 aa  88.2  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.32 
 
 
132 aa  88.2  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.06 
 
 
162 aa  88.6  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  41.46 
 
 
146 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.98 
 
 
207 aa  86.7  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.7 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.4 
 
 
139 aa  82.8  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  81.3  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.02 
 
 
138 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.6 
 
 
139 aa  81.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  38.98 
 
 
126 aa  81.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.98 
 
 
138 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.84 
 
 
140 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  38.84 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 
139 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  38.02 
 
 
136 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  38.14 
 
 
133 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.05 
 
 
147 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.14 
 
 
142 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.92 
 
 
138 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.21 
 
 
158 aa  78.2  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.21 
 
 
138 aa  77.8  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  37.39 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.21 
 
 
142 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.07 
 
 
137 aa  77  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3798  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000388201  hitchhiker  0.00000322165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.17 
 
 
147 aa  77  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.51 
 
 
138 aa  76.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.07 
 
 
120 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.34 
 
 
120 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.01 
 
 
146 aa  76.6  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  36.84 
 
 
148 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.4 
 
 
138 aa  76.3  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.33 
 
 
158 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.28 
 
 
147 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.51 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.9 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  34.51 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  34.51 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  34.51 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  34.51 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>