More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0906 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 207 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.67 
 
 		 257 aa  324  7e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.25 
 
 		 429 aa  318  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  75.98 
 
 		 281 aa  301  5.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  75.98 
 
 		 223 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.15 
 
 		 450 aa  296  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  84.76 
 
 		 165 aa  288  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  84.71 
 
 		 164 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  68.18 
 
 		 278 aa  269  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 162 aa  249  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  83.33 
 
 		 126 aa  226  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.74 
 
 		 229 aa  222  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  55.14 
 
 		 228 aa  221  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  76.12 
 
 		 139 aa  214  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  76.12 
 
 		 139 aa  214  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  75.37 
 
 		 139 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 138 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  73.88 
 
 		 138 aa  210  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  74.63 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  74.63 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.88 
 
 		 139 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.13 
 
 		 138 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  70.8 
 
 		 162 aa  205  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 162 aa  203  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 139 aa  156  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.2 
 
 		 139 aa  154  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 149 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  53.44 
 
 		 146 aa  144  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.65 
 
 		 139 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.74 
 
 		 138 aa  142  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.47 
 
 		 146 aa  142  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.84 
 
 		 139 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 158 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 139 aa  138  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.74 
 
 		 138 aa  137  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.66 
 
 		 141 aa  134  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  48.53 
 
 		 138 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  48.53 
 
 		 138 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 142 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.89 
 
 		 138 aa  132  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 144 aa  132  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 153 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 142 aa  131  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 140 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  52.07 
 
 		 136 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  130  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  53.72 
 
 		 138 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  52.07 
 
 		 133 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.42 
 
 		 145 aa  129  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 158 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.89 
 
 		 142 aa  128  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 155 aa  128  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 138 aa  127  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.59 
 
 		 142 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.69 
 
 		 151 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  55.96 
 
 		 158 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 158 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  51.61 
 
 		 157 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 152 aa  126  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.45 
 
 		 139 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 138 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.81 
 
 		 137 aa  125  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  51.24 
 
 		 147 aa  125  5e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.14 
 
 		 134 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.68 
 
 		 140 aa  124  8.000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.41 
 
 		 139 aa  124  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 146 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 139 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 138 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.85 
 
 		 150 aa  123  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 143 aa  122  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.88 
 
 		 138 aa  121  7e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 138 aa  121  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.19 
 
 		 139 aa  121  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  46.77 
 
 		 145 aa  121  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 149 aa  121  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 145 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 139 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  50.41 
 
 		 149 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.39 
 
 		 405 aa  119  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  48.33 
 
 		 152 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  48.39 
 
 		 162 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  49.19 
 
 		 139 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.19 
 
 		 139 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.15 
 
 		 141 aa  119  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  46.61 
 
 		 143 aa  119  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  46.61 
 
 		 143 aa  119  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>