More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5516 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  100 
 
 		 133 aa  268  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  95.49 
 
 		 142 aa  259  8e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  94.74 
 
 		 138 aa  258  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  94.74 
 
 		 140 aa  257  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  94.74 
 
 		 136 aa  256  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  93.23 
 
 		 138 aa  255  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 138 aa  255  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  85.5 
 
 		 138 aa  232  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  81.68 
 
 		 138 aa  228  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  80.92 
 
 		 138 aa  228  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.44 
 
 		 158 aa  225  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  80.15 
 
 		 138 aa  224  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.44 
 
 		 139 aa  223  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  82.44 
 
 		 139 aa  223  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 138 aa  223  8e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  83.08 
 
 		 139 aa  222  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  81.68 
 
 		 139 aa  222  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  80.92 
 
 		 139 aa  221  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  80.92 
 
 		 139 aa  221  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  79.7 
 
 		 139 aa  221  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  80.45 
 
 		 139 aa  220  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.39 
 
 		 139 aa  217  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  78.2 
 
 		 146 aa  215  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.24 
 
 		 146 aa  210  4.9999999999999996e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  75.94 
 
 		 139 aa  207  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  74.81 
 
 		 157 aa  199  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  70.99 
 
 		 142 aa  197  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  70.23 
 
 		 158 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  71.76 
 
 		 155 aa  192  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  69.77 
 
 		 138 aa  190  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  68.7 
 
 		 159 aa  189  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  76.27 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 138 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 153 aa  177  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  64.12 
 
 		 137 aa  177  4.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  71.19 
 
 		 140 aa  176  8e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  70.34 
 
 		 158 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  70.34 
 
 		 158 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  69.49 
 
 		 158 aa  173  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.08 
 
 		 152 aa  172  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  61.83 
 
 		 138 aa  167  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  62.99 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  60.47 
 
 		 141 aa  158  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  52.76 
 
 		 162 aa  131  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 155 aa  130  6.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.07 
 
 		 207 aa  129  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 162 aa  127  6e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.97 
 
 		 162 aa  127  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 164 aa  126  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 450 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.59 
 
 		 257 aa  125  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52 
 
 		 154 aa  124  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  52 
 
 		 154 aa  124  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.59 
 
 		 165 aa  124  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  49.6 
 
 		 148 aa  123  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  49.6 
 
 		 148 aa  123  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.59 
 
 		 223 aa  123  9e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  48.76 
 
 		 126 aa  123  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 229 aa  123  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.59 
 
 		 281 aa  122  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 142 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  49.59 
 
 		 139 aa  121  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 138 aa  121  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.59 
 
 		 223 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.59 
 
 		 223 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  52.34 
 
 		 138 aa  120  4e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 429 aa  120  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  50.41 
 
 		 228 aa  120  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.78 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 		 405 aa  119  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 313 aa  119  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.2 
 
 		 151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 		 148 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 147 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  47.2 
 
 		 145 aa  117  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 140 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4693  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  46.83 
 
 		 148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000772708 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  45.6 
 
 		 143 aa  115  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  45.6 
 
 		 143 aa  115  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195272  hitchhiker  0.00000457182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>