More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3381 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  99.55 
 
 
223 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
223 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  68.58 
 
 
228 aa  293  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  68.14 
 
 
229 aa  287  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  88.49 
 
 
139 aa  257  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  78.42 
 
 
139 aa  235  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.56 
 
 
138 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.56 
 
 
138 aa  234  9e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.56 
 
 
138 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.56 
 
 
138 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.56 
 
 
138 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  79.56 
 
 
138 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.7 
 
 
139 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  77.7 
 
 
139 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  79.56 
 
 
138 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  78.83 
 
 
138 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  74.44 
 
 
162 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.88 
 
 
429 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.68 
 
 
162 aa  214  8e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  66.67 
 
 
164 aa  212  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.88 
 
 
450 aa  210  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.63 
 
 
165 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  74.63 
 
 
207 aa  209  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  73.88 
 
 
223 aa  209  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.88 
 
 
281 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  72.39 
 
 
257 aa  208  4e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  73.88 
 
 
278 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  71.43 
 
 
126 aa  190  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.67 
 
 
162 aa  188  7e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.12 
 
 
139 aa  171  5.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.35 
 
 
139 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 
138 aa  138  7e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.1 
 
 
159 aa  136  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.36 
 
 
149 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  56.14 
 
 
134 aa  132  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.42 
 
 
158 aa  132  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
133 aa  131  9e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.51 
 
 
138 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  50 
 
 
157 aa  128  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.39 
 
 
137 aa  128  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.81 
 
 
139 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  50 
 
 
146 aa  128  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.81 
 
 
146 aa  127  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50 
 
 
139 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
139 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.03 
 
 
141 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  52.07 
 
 
138 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.25 
 
 
142 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.97 
 
 
142 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.19 
 
 
138 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.07 
 
 
140 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  50.41 
 
 
136 aa  125  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.59 
 
 
138 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 
138 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00359  DnaK supressor  49.6 
 
 
162 aa  123  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131287  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  47.58 
 
 
138 aa  123  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.24 
 
 
142 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  47.58 
 
 
138 aa  122  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  49.59 
 
 
133 aa  121  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.76 
 
 
139 aa  121  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
140 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.39 
 
 
152 aa  120  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.39 
 
 
139 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  48.39 
 
 
139 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.59 
 
 
138 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.39 
 
 
139 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.76 
 
 
153 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  45.74 
 
 
134 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 
143 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.76 
 
 
139 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.76 
 
 
139 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  46.51 
 
 
134 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2734  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.8 
 
 
405 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.152492  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.11 
 
 
155 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1243  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.74 
 
 
142 aa  118  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.54 
 
 
146 aa  118  7.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 
138 aa  118  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.77 
 
 
138 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0307  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 
313 aa  117  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.16 
 
 
158 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.27 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.58 
 
 
139 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2654  DnaK suppressor protein  47.33 
 
 
158 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.562233  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1312  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.33 
 
 
158 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  44.96 
 
 
134 aa  116  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1192  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.29 
 
 
158 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.890145  normal  0.628477 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  47.9 
 
 
151 aa  115  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4011  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.54 
 
 
144 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00055516  normal  0.87616 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3114  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0231493  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0547  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.11 
 
 
140 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.09 
 
 
134 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1164  RNA polymerase-binding transcription factor  47.06 
 
 
151 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00894629  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  46.22 
 
 
151 aa  111  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>