More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1953 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 143 aa  281  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 134 aa  228  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  78.03 
 
 		 134 aa  202  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  76.87 
 
 		 134 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  72.93 
 
 		 134 aa  196  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  74.24 
 
 		 140 aa  191  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 139 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.84 
 
 		 162 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 139 aa  124  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 162 aa  123  8.000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  39.55 
 
 		 134 aa  122  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  39.55 
 
 		 134 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 229 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.15 
 
 		 133 aa  121  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 138 aa  120  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 		 223 aa  120  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.08 
 
 		 223 aa  120  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  46.15 
 
 		 228 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.76 
 
 		 149 aa  119  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 134 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  40.6 
 
 		 134 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  44.62 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 154 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  46.15 
 
 		 138 aa  116  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 139 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 139 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.62 
 
 		 139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 165 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 257 aa  115  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 164 aa  114  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 207 aa  112  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 429 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 223 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 450 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  46.72 
 
 		 126 aa  111  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 162 aa  110  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 281 aa  110  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 278 aa  110  9e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  42.57 
 
 		 146 aa  103  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 139 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3101  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.55 
 
 		 139 aa  100  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  44 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.2 
 
 		 139 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.97 
 
 		 139 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  45.97 
 
 		 139 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  43.2 
 
 		 138 aa  96.7  9e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.6 
 
 		 139 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 139 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.9 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.16 
 
 		 139 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  45.67 
 
 		 157 aa  95.5  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2297  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.93 
 
 		 141 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.447274  normal  0.0340464 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 144 aa  95.5  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.74 
 
 		 154 aa  95.1  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 158 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  42.74 
 
 		 154 aa  95.1  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 143 aa  95.1  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 139 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.9 
 
 		 139 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 146 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.18 
 
 		 137 aa  93.2  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 159 aa  92.8  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.46 
 
 		 142 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  42.74 
 
 		 133 aa  92.8  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.08 
 
 		 141 aa  92  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 138 aa  92.4  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 158 aa  91.3  4e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.5 
 
 		 151 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0635  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 155 aa  91.3  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.564298  normal  0.248385 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  40.65 
 
 		 136 aa  90.9  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.15 
 
 		 150 aa  90.9  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 138 aa  90.5  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0724  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 153 aa  90.5  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  43.8 
 
 		 143 aa  90.1  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 138 aa  90.1  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  39.84 
 
 		 138 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 146 aa  89  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>