More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3487 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3487  dnaK suppressor protein, putative  100 
 
 
134 aa  278  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3262  dnaK suppressor protein, putative  99.25 
 
 
134 aa  275  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3327  TraR/DksA family transcriptional regulator  89.55 
 
 
134 aa  250  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2220  C4-type zinc finger DksA/TraR family protein  82.84 
 
 
134 aa  236  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3519  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.84 
 
 
154 aa  235  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0696704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1844  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.09 
 
 
134 aa  234  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0449164  normal  0.0842967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3452  TraR/DksA family transcriptional regulator  82.71 
 
 
134 aa  234  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.56 
 
 
140 aa  133  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  42.42 
 
 
134 aa  126  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  43.94 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2595  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.42 
 
 
134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0704814 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  43.94 
 
 
134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1953  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.55 
 
 
143 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145281 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2533  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.19 
 
 
139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0895997  normal  0.563175 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1939  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.85 
 
 
141 aa  105  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0082918 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2440  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 
133 aa  103  9e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1232  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.85 
 
 
139 aa  101  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.182051 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  38.4 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
138 aa  97.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.76 
 
 
223 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.76 
 
 
223 aa  97.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2014  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.27 
 
 
162 aa  97.1  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.58 
 
 
450 aa  97.1  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1731  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
162 aa  96.7  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  37.21 
 
 
139 aa  96.3  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
229 aa  96.3  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.6 
 
 
138 aa  96.3  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
139 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.8 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.8 
 
 
139 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  37.6 
 
 
228 aa  94.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.1 
 
 
149 aa  94.7  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.8 
 
 
223 aa  94  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.8 
 
 
281 aa  92.8  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.37 
 
 
429 aa  93.2  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.01 
 
 
257 aa  93.2  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.8 
 
 
164 aa  92.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.1 
 
 
278 aa  90.9  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.76 
 
 
207 aa  90.9  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.3 
 
 
165 aa  90.9  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2467  RNA polymerase-binding protein DksA  43.09 
 
 
146 aa  89.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.84 
 
 
162 aa  89.4  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.65 
 
 
139 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.84 
 
 
139 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2176  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.84 
 
 
139 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134571  normal  0.0134623 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.92 
 
 
138 aa  83.6  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0853  dnaK suppressor protein, putative  36.84 
 
 
137 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671641  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2558  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.01 
 
 
146 aa  82.4  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.75 
 
 
132 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  37.29 
 
 
126 aa  82  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  36.67 
 
 
136 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  36.67 
 
 
133 aa  81.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.4 
 
 
138 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.51 
 
 
138 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.84 
 
 
138 aa  80.9  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.14 
 
 
142 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.02 
 
 
140 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  38.02 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.43 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2122  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.21 
 
 
138 aa  78.2  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  35.71 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
139 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.15 
 
 
139 aa  77.8  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1950  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.61 
 
 
142 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  37.21 
 
 
157 aa  77  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0895  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.21 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5556  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.65 
 
 
139 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.398445  normal  0.962073 
 
 
-
 
NC_004310  BR1036  dnaK suppressor protein  37.8 
 
 
138 aa  76.6  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.35343  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.83 
 
 
138 aa  76.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.24 
 
 
120 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.13 
 
 
137 aa  75.9  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
139 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.66 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.14 
 
 
158 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.43 
 
 
120 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.98 
 
 
120 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.44 
 
 
142 aa  73.9  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1002  RNA polymerase-binding protein DksA  37.01 
 
 
138 aa  72.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  34.21 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  32.46 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.46 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.46 
 
 
147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.51 
 
 
120 aa  72  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>