More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2345 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 132 aa  267  4e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  85.83 
 
 		 120 aa  211  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  84.17 
 
 		 120 aa  206  9e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  76.67 
 
 		 120 aa  196  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  67.52 
 
 		 120 aa  167  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  63.33 
 
 		 120 aa  155  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.26 
 
 		 118 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 120 aa  134  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 120 aa  129  9e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  55.65 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  53.85 
 
 		 118 aa  124  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 139 aa  123  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.92 
 
 		 118 aa  123  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.92 
 
 		 118 aa  123  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 118 aa  122  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.17 
 
 		 118 aa  122  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  48.74 
 
 		 141 aa  117  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.43 
 
 		 144 aa  114  5e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.54 
 
 		 141 aa  114  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 140 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  46.51 
 
 		 147 aa  113  6.9999999999999995e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  46.4 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.4 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 229 aa  111  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.72 
 
 		 151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.98 
 
 		 223 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2068  DnaK suppressor protein  45.8 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000191774  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  43.8 
 
 		 228 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 162 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.61 
 
 		 150 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.98 
 
 		 223 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 146 aa  107  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 257 aa  107  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 281 aa  107  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 145 aa  107  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.94 
 
 		 223 aa  107  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 155 aa  107  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 278 aa  107  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 138 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  43.85 
 
 		 152 aa  107  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.12 
 
 		 137 aa  106  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  42.98 
 
 		 138 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 165 aa  106  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 164 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 429 aa  105  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0046  putative DNAK suppressor protein  40.5 
 
 		 139 aa  104  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 158 aa  104  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 147 aa  104  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3687  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 142 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  45.54 
 
 		 148 aa  105  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  44 
 
 		 126 aa  104  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44 
 
 		 207 aa  104  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0071  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 139 aa  104  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2681  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 159 aa  103  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.133444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1598  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  44.64 
 
 		 148 aa  103  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2999  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.141456 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6440  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 147 aa  103  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2476  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3137  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3090  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3107  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 138 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1064  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 450 aa  103  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  44.54 
 
 		 143 aa  103  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 147 aa  103  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  43.09 
 
 		 136 aa  102  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4379  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  41.22 
 
 		 145 aa  102  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  42.86 
 
 		 136 aa  102  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  43.9 
 
 		 133 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0758  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.193991  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1964  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.52 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.268781  normal  0.159362 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0509  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0344  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.5 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  42.62 
 
 		 156 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  43.75 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  44.35 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  44.35 
 
 		 151 aa  101  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>