295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2922 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
151 aa  305  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2168  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.8 
 
 
142 aa  122  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.68 
 
 
149 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 
155 aa  61.6  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.26 
 
 
132 aa  60.8  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.69 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.66 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  30.94 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.94 
 
 
139 aa  58.2  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.24 
 
 
218 aa  57.4  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.33 
 
 
130 aa  57  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  41.1 
 
 
132 aa  57  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.16 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.62 
 
 
118 aa  56.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.1 
 
 
132 aa  56.2  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.36 
 
 
118 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.58 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.58 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.73 
 
 
118 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.89 
 
 
176 aa  54.7  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  35.53 
 
 
118 aa  54.7  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
222 aa  54.3  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.93 
 
 
120 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.23 
 
 
205 aa  53.9  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  35.21 
 
 
117 aa  53.9  0.0000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48 
 
 
115 aa  53.5  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6415  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.53 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.143253  normal  0.0110238 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.85 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  37.14 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.13 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.99 
 
 
120 aa  53.5  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0568  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.56 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.14 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2893  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
122 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0224708 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.14 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.42 
 
 
210 aa  52.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2328  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.71 
 
 
112 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1239  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0619111 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.79 
 
 
213 aa  52  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  37.68 
 
 
145 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
120 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.62 
 
 
120 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
120 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  34.95 
 
 
122 aa  51.2  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.71 
 
 
139 aa  51.6  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.72 
 
 
257 aa  51.2  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  33.65 
 
 
283 aa  51.6  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2687  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.63 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0540586 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1023  DnaK suppressor protein  28.81 
 
 
136 aa  51.2  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.68 
 
 
120 aa  50.4  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  36.99 
 
 
143 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  36.99 
 
 
143 aa  50.4  0.000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.5 
 
 
155 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0169  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
110 aa  50.4  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.2184  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.98 
 
 
111 aa  50.4  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
130 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.76 
 
 
121 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.92 
 
 
216 aa  50.1  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  33.01 
 
 
134 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.95 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.77 
 
 
122 aa  50.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3578  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.58 
 
 
116 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.031669 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.78 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.81 
 
 
122 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.36 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  29.9 
 
 
151 aa  49.7  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1896  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.29 
 
 
130 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.123017  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
231 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.81 
 
 
122 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.2 
 
 
114 aa  48.5  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.43 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.86 
 
 
258 aa  48.9  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0680  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.26 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0997736  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
150 aa  48.5  0.00003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.62 
 
 
275 aa  48.1  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.84 
 
 
134 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  33.82 
 
 
152 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  48.89 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
145 aa  47.8  0.00005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  34.62 
 
 
152 aa  47.8  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.31 
 
 
118 aa  47.8  0.00005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  55.26 
 
 
121 aa  47.8  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3895  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.49 
 
 
124 aa  47.8  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0249902  normal  0.427692 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  30.39 
 
 
119 aa  47.4  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.94 
 
 
124 aa  47.8  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.29 
 
 
143 aa  47.4  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.29 
 
 
151 aa  47.8  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  35.71 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  32.76 
 
 
134 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  25.93 
 
 
148 aa  47.8  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  36.23 
 
 
143 aa  47.4  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  28.87 
 
 
151 aa  47.4  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.77 
 
 
118 aa  47.4  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  36.99 
 
 
153 aa  47.4  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.18 
 
 
147 aa  47.4  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  28.87 
 
 
151 aa  47.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  28.87 
 
 
151 aa  47.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  28.87 
 
 
151 aa  47.4  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>