265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2396 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 
130 aa  266  8.999999999999999e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  96.92 
 
 
130 aa  259  8e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  50.42 
 
 
130 aa  135  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.06 
 
 
130 aa  132  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.86 
 
 
130 aa  131  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  31.13 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  31.13 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  31.13 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  34.31 
 
 
127 aa  64.7  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.45 
 
 
258 aa  64.3  0.0000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0025  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.51 
 
 
131 aa  60.5  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.795475  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.21 
 
 
210 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.74 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.13 
 
 
228 aa  59.3  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.86 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  30.91 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0100  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.65 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.09 
 
 
218 aa  58.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0152  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.77 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  32.52 
 
 
118 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.26 
 
 
212 aa  56.6  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.36 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.71 
 
 
216 aa  56.6  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.3 
 
 
120 aa  56.6  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0249  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.66 
 
 
122 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.534414  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.46 
 
 
118 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  33.33 
 
 
132 aa  55.1  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  34.78 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  30.3 
 
 
152 aa  54.7  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.57 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.56 
 
 
114 aa  53.9  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  26.36 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0167  putative DnaK suppressor  29.57 
 
 
125 aa  53.5  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000243735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.77 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1632  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.35 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727995  normal  0.338245 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.72 
 
 
176 aa  53.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.94 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.94 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.73 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.73 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  27.73 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  46.15 
 
 
132 aa  52  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.03 
 
 
120 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.1 
 
 
527 aa  52.4  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  27.35 
 
 
119 aa  52  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0715  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.34 
 
 
139 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000696876  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  27.73 
 
 
120 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.07 
 
 
132 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.25 
 
 
212 aa  52  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2860  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.73 
 
 
106 aa  52  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0617  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.73 
 
 
139 aa  51.2  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000439972  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.58 
 
 
118 aa  51.2  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.73 
 
 
139 aa  51.2  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  4.19152e-36 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.77 
 
 
205 aa  51.2  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0939  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.45 
 
 
118 aa  50.8  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1204  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.95 
 
 
134 aa  50.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.418656  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.9 
 
 
213 aa  50.8  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.99 
 
 
283 aa  50.8  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.73 
 
 
132 aa  50.8  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.4 
 
 
118 aa  50.4  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.79 
 
 
275 aa  50.8  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.38 
 
 
122 aa  50.8  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.28 
 
 
130 aa  50.4  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.86 
 
 
115 aa  50.1  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  29.36 
 
 
139 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
139 aa  49.7  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.93 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1324  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.820819  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.76 
 
 
126 aa  49.7  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3066  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.09 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2444  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.46 
 
 
102 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.689651  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2922  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
151 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.319958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3682  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.21 
 
 
111 aa  49.3  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.594064 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  35.62 
 
 
124 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.89 
 
 
121 aa  48.9  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0534  zinc finger DksA/TraR C4-type  36.51 
 
 
119 aa  48.9  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000781364  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.36 
 
 
130 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3206  dnaK suppressor protein, putative  47.46 
 
 
139 aa  48.9  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000255465  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  30 
 
 
143 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.28 
 
 
140 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0162  DnaK suppressor protein  32.98 
 
 
137 aa  48.5  0.00003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225781  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.21 
 
 
222 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4387  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.69 
 
 
256 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  40.82 
 
 
122 aa  48.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0429  hypothetical protein  30.77 
 
 
128 aa  48.1  0.00003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.16 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  39.73 
 
 
111 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2535  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 
103 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2631  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40 
 
 
103 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0800447  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  25.81 
 
 
120 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.22 
 
 
144 aa  47.8  0.00005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.38 
 
 
136 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3710  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.11 
 
 
121 aa  47.8  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.324918  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
149 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.46 
 
 
231 aa  47.8  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3095  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.48 
 
 
145 aa  47.8  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000335768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  29.91 
 
 
251 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  30 
 
 
243 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>