More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_1351 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  432  1e-120  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.2 
 
 
176 aa  159  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.38 
 
 
231 aa  148  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.38 
 
 
251 aa  144  8.000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1697  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.91 
 
 
234 aa  135  5e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.389898  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.11 
 
 
228 aa  134  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.45 
 
 
206 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4700  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
243 aa  114  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000265525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4989  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.52 
 
 
243 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0106572  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.52 
 
 
222 aa  108  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0249  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.1 
 
 
243 aa  108  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000818041  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4971  DNA binding protein, DksA/TraR family  39.1 
 
 
243 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5000  DNA binding protein, DksA/TraR family  40.13 
 
 
243 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0532379  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5018  DksA/TraR family DNA-binding protein  38.46 
 
 
243 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4591  DnaK suppressor protein  38.46 
 
 
243 aa  107  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000615326  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4613  DnaK suppressor protein  38.46 
 
 
243 aa  106  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000678403  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.03 
 
 
253 aa  106  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0565  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 
269 aa  106  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.38 
 
 
243 aa  105  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4753  DksA/TraR family DNA-binding protein  37.82 
 
 
243 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000884601  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5114  dksa/trar family DNA-binding protein  37.82 
 
 
243 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000229995  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0623  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.92 
 
 
212 aa  99.8  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.98 
 
 
213 aa  99.8  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1322  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.53 
 
 
216 aa  96.7  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.38 
 
 
205 aa  94.4  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0964  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.52 
 
 
147 aa  82  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.633657  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.59 
 
 
126 aa  81.6  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.43 
 
 
210 aa  78.6  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.4009  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.71 
 
 
120 aa  72  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 
121 aa  70.9  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.9 
 
 
136 aa  70.1  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.4 
 
 
121 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.2 
 
 
118 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  36 
 
 
133 aa  67.4  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  49.25 
 
 
527 aa  66.2  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.21 
 
 
112 aa  65.5  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  36.75 
 
 
283 aa  65.1  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.5 
 
 
120 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
120 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.5 
 
 
120 aa  64.3  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2904  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.85 
 
 
117 aa  63.2  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000908818  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.42 
 
 
120 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.68 
 
 
275 aa  62.4  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.07 
 
 
139 aa  62  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  45.07 
 
 
139 aa  62  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1063  DnaK suppressor protein  36.97 
 
 
127 aa  61.6  0.000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00483953  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  35.48 
 
 
153 aa  61.6  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.86 
 
 
155 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4246  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.29 
 
 
115 aa  60.1  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.404751 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.29 
 
 
218 aa  60.1  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  37.96 
 
 
150 aa  59.7  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.55 
 
 
122 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.46 
 
 
207 aa  59.7  0.00000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.77 
 
 
120 aa  59.3  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0486  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.09 
 
 
147 aa  59.3  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
120 aa  58.9  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  36.26 
 
 
130 aa  58.5  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  47.14 
 
 
110 aa  58.5  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  42.03 
 
 
143 aa  58.5  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.89 
 
 
120 aa  58.5  0.00000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  28.57 
 
 
121 aa  58.5  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1290  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.67 
 
 
130 aa  58.2  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0196  transcriptional regulator, TraR/DksA family  29.2 
 
 
144 aa  57.8  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.82 
 
 
139 aa  57.4  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.78 
 
 
118 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.45 
 
 
146 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.93 
 
 
139 aa  57  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.11 
 
 
120 aa  56.6  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.93 
 
 
139 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1886  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.96 
 
 
147 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.271081  decreased coverage  0.00232468 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  35.19 
 
 
236 aa  57  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.91 
 
 
146 aa  57  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.79 
 
 
120 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.71 
 
 
118 aa  56.6  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  40 
 
 
143 aa  56.6  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  40 
 
 
143 aa  56.6  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2396  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.26 
 
 
130 aa  56.6  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0818179  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.71 
 
 
118 aa  56.6  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1823  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.33 
 
 
130 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00591197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  38.96 
 
 
145 aa  56.2  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2088  C4 zinc finger domain-containing protein  32.48 
 
 
119 aa  55.8  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000002511  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.26 
 
 
118 aa  55.8  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  39.13 
 
 
140 aa  55.8  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.96 
 
 
150 aa  55.8  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4135  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.77 
 
 
121 aa  55.8  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.564899  normal  0.93082 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.96 
 
 
148 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1772  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.24 
 
 
144 aa  55.1  0.0000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000102348  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  34 
 
 
297 aa  55.1  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2286  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.02 
 
 
144 aa  55.1  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000387566  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  28.93 
 
 
140 aa  55.1  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0424  TraR/DksA family transcriptional regulator  35.24 
 
 
144 aa  54.7  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00014325  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  32.52 
 
 
137 aa  54.3  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  36.36 
 
 
141 aa  54.7  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1007  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.05 
 
 
130 aa  54.3  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3660  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.88 
 
 
149 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1427  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.26 
 
 
109 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0733302  normal  0.617985 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1267  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.14 
 
 
258 aa  53.9  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120418  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.21 
 
 
144 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1282  zinc finger DksA/TraR C4-type  50 
 
 
152 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.02 
 
 
110 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>